1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...catgacatatacagtgcacagttaaactaaactaccatttgggtgtggtcaggcgacaaacagttgtacattgattgatgaagtcaccatttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGTTGTATCGGCAGGTGTGAAGTCCATTTTGGACATACCGCGGACACTTGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G126517_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGEST: gi|211098559|gb|FL329018.1|FL329018
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGANGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAEST: gi|149082843|gb|EE172069.2|EE172069
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAA
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGEST: gi|211522432|gb|FL327537.1|FL327537
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGANGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGEST: gi|211193875|gb|FL364459.1|FL364459
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTEST: gi|149015839|gb|EE045506.2|EE045506
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCT
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGEST: gi|211152952|gb|FL361222.1|FL361222
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTNACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGEST: gi|211483892|gb|FL352027.1|FL352027
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
EST: GTTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGEST: gi|31355893|gb|CD440250.1|CD440250
genomic: GTTTTT-GTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGEST: gi|211385441|gb|FL308637.1|FL308637
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGEST: gi|78085709|gb|DV514102.1|DV514102
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGEST: gi|211023235|gb|FL319676.1|FL319676
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGEST: gi|211216455|gb|FL358323.1|FL358323
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCEST: gi|211267860|gb|FL346397.1|FL346397
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTC
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGEST: gi|211404920|gb|FL353800.1|FL353800
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTG
EST: GTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTEST: gi|74236392|gb|DT644306.1|DT644306
genomic: GTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTG-CATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTT
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGEST: gi|211420492|gb|FL364949.1|FL364949
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA AEST: gi|211420492|gb|FL364949.1|FL364949
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcag-
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA AEST: gi|211526578|gb|FL367182.1|FL367182
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcag-
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAACAGACTCCTGTEST: gi|31355559|gb|CD439916.1|CD439916
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAA-AGACTCCTGT
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGEST: gi|71764027|gb|DR961964.1|DR961964
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
EST: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAA CTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
genomic: AGTTTTTGTTACTGGGGGCATTGGAGGTGTGCATAGACATGGTGAACAAAgtaagcagct ... ttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTG
tggtcaggcgacaaacagttgtacattgattgatgaagtcaccatttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGTTGTATCGGCAGGTGTGAAGTCCATTTTGGACATACCGCGGACACTTGA
gattgat putative branch site (score: 4)
ccatttc putative PPT
attgatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| catgacatatacagtgcacagttaaactaaactaccatttgggtgtggtcaggcgacaaacagttgtacattgattgatgaagtcaccatttcgatgcagCTATGGATGTCTCCTCAGACTTAACTGAACTTGGAAAGACTCCTGTAGCTGTTGTATCGGCAGGTGTGAAGTCCATTTTGGACATACCGCGGACACTTGA
catgaca
- - - - - - - tgcacag
- - - - - - - - - - - -aaactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - ccatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cgacaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtcacca