Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatagctcatctaacatagtatgtctgcgttagctgcttcaattaatactaatgcattttcgttttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G121456_T03
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G121456_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g19510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtaatagctcatctaacatagt--atgtctgcgttagctgctt----caattaatactaatgcattttcgttttctgtt-agGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG
|||||| |||||| |   |  |  ||  || | |      |||    || ||  | |  |   |  | | |||| |||| ||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||
gtaataactcatccattttttttcatagctccatctcactcttggaacatttgtttcacaccaaactgcattttgtgtttagGGATGGCCATATTCGACACGATGAAGCATATCAGACCTGATGTTTCCACAGTTTGTATTGGACTTGCTGCAAG

upper sequence: GRMZM2G121456_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA02G01510.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
----------------------------------------------gtaata-gctcatctaacatagtatgtctgcgttagctgcttcaattaatactaatgcatt--------ttcgttttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG
                                               || ||   ||||||| ||| |  ||      |    |   |||| || ||  ||||| ||        ||| ||| |  ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||| | |||||||| || ||||||||| ||||| |||| || ||
gtaataattttttagttaaaactatcttgcattgtcttttattattatattatattcatcta-catgggctgaaaatatattgtatctcaaatattaa-aatgctttctttgttattcttttccccttagGAATGGCAATATTTGATACAATGAGGCATATCCGACCTGATGTGTCTACTGTTTGTGTTGGATTAGCGGCTAG

upper sequence: GRMZM2G121456_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA03G37880.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
---------------------------------------gtaatagctcatcta-acatag---tatgtctgcgtta-gctgcttcaatt--aatactaatg-----cattttcgttttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG
                                           ||    |||||  | |||   ||    |||  |  | |  || | ||  || |||||||     || |||   ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||||  | |||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||
gtaataattattttatgtgaatctgccctgcattagtttactgtattcaatctatgcctagacttaaaaatgcaatgcgttattttattttaaaaactaatgtgcttcacttttcctttctgttagGCATGGCAATATTTGATACAATGAGGCATATTCGACCTGATGTGTCCACTGTTTGCATTGGACTGGCAGCTAG

upper sequence: GRMZM2G121456_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA10G01550.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
------------------------------------------------gtaata-gctcatctaacatagtatgtctgcgttagctgcttcaattaatactaatgcatt--------ttcgttttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG
                                                 || ||   ||||||| ||| |  |       |    |    ||| || ||  ||||| ||        ||| ||| |  |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||||| || ||||||||| ||||| |||| || ||
gtaatagttttttagttaaaactatcttgctttgttttttttattattatattatattcatcta-catgggctaaaaatatattgtatcccaaatattaa-aatgctttctttgttattcttttccccttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAGGCATATCCGACCTGATGTGTCTACTGTTTGTGTTGGATTAGCAGCTAG

upper sequence: GRMZM2G121456_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT1G02560.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
---gtaatagctcatctaacatagtatgtctgcgttagctgcttcaat---taat-actaatgcattttcgttttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG
    ||| | ||     | | || | | | |   ||  | | ||  ||   |||| |||  ||||| |     ||     ||| ||||||||||| ||||| |||| ||| ||| |||||||||| |||||||||||| |||| |||||||| ||
gtaataacaactttgtcagcttactctttatcttttttccggttttatggttaatgactcgtgcatctcttactttacccagGCATGGCTATATTCGATACTATGAGGCACATCCGGCCTGATGTGTCCACTGTTTGTGTTGGTCTAGCTGCTAG

upper sequence: GRMZM2G121456_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv07s0005g01530.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-------------------------------------gtaatagctcatctaacatagtatgtctgcgttagctgcttca-attaatactaatgcattttcgttt--tctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG
                                     ||| ||| | || ||||  || |||    | |   | | |||  |||      ||| | |  |  |||   |  | ||| ||||||||||| || ||||||| ||||||| | |||||||| |||||||| ||| |||||||||| || ||
gtaatttctgtcttacaataaatttttcttcacactggtactagtttatttaactgagcatggagacttgtacaggttcttattttcttgaattcttccttatttatcccctcagGCATGGCTATATTCGACACAATGAGGCATATCCGACCTGATGTTTCCACTGTGTGTGTTGGACTAGCAGCCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|110519563|gb|EE023896.1|EE023896
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|74237088|gb|DT645002.1|DT645002
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|78092088|gb|DV520462.1|DV520462
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|19821991|gb|BQ048015.1|BQ048015
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|71436538|gb|DR817588.1|DR817588
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|148939986|gb|EC884717.2|EC884717
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|32942454|gb|CF047273.1|CF047273
EST:     ATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: ATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|211478511|gb|FL023987.1|FL023987
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|20208074|gb|BQ134163.1|BQ134163
EST:     TAAGGATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATACTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: TAAGGATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|26456147|gb|CA827730.1|CA827730
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|149088221|gb|EE177331.2|EE177331
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|101399114|gb|EB821430.1|EB821430
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|78111070|gb|DV529467.1|DV529467
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|78544613|gb|DV622111.1|DV622111
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|76919121|gb|DV167599.1|DV167599
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|71427481|gb|DR808531.1|DR808531
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|71445134|gb|DR826184.1|DR826184
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|74245787|gb|DT653701.1|DT653701
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|148939985|gb|EC884716.2|EC884716
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|78090189|gb|DV518563.1|DV518563
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|148938546|gb|EC882867.2|EC882867
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|19822147|gb|BQ048171.1|BQ048171
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|50338176|gb|CO533302.1|CO533302
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|58029811|gb|CX725238.1|CX725238
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|101400189|gb|EB821914.1|EB821914
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|93282145|gb|EB674409.1|EB674409
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|76012850|gb|DT940020.1|DT940020
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|211478510|gb|FL023986.1|FL023986
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|93282646|gb|EB674910.1|EB674910
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|9254470|gb|BE344938.1|BE344938
EST:     AGGATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: AGGATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|148934818|gb|EC878864.2|EC878864
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|113702266|gb|EE679770.1|EE679770
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|101399344|gb|EB821545.1|EB821545
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|71307773|gb|DR790105.1|DR790105
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
EST: gi|211478514|gb|FL023990.1|FL023990
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GGATGGCTATATTTGGATACA-TGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACT
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTG-ATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACT
EST: gi|26455779|gb|CA827362.1|CA827362
EST:     GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTG                         GAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG
genomic: GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 299

GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 352

GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 153

GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 184

GATATCATTATGTATGTGAATTCGCCAGGAGGGTCAGTGACAGCTGgtaatagctc ... tttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtatgtctgcgttagctgcttcaattaatactaatgcattttcgttttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG
                            tactaat  putative branch site (score: 184)
                                      ttttcgttttctgtt  putative PPT
                   ttcaattaatactaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatagctcatctaacatagtatgtctgcgttagctgcttcaattaatactaatgcattttcgttttctgttagGAATGGCTATATTTGATACAATGAAGCATATCAGGCCTGATGTATCCACTGTTTGTATTGGACTAGCTGCAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGC