Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatcttattttttttcttcttcttttcttttaaagtgaaatcaacctctccacattggtactaattcttttgattttaaaatttggcagTGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCATTTTACTGCCTGCTAAACCCCCTTTCCATCCACGCCAGTTCGCGACATGT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G119791_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148936990|gb|EC881159.2|EC881159
EST:     GTGAGGCCGGATGGATGGTTGGATTATGCAGCTAAAAGGATCGCACAGCT                         TGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCAT
genomic: GTGAGGCCGGATGGATGGTTGGATTATGCAGCTAAAAGGATCGCACAGCTgtaatcttat ... aatttggcagTGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCAT
EST: gi|78092057|gb|DV520431.1|DV520431
EST:     GTGAGGCCGGATGGATGGTTGGATTATGCAGCTAAAAGGATCGCACAGCT                         TGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCAT
genomic: GTGAGGCCGGATGGATGGTTGGATTATGCAGCTAAAAGGATCGCACAGCTgtaatcttat ... aatttggcagTGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCAT
EST: gi|149080539|gb|EE169577.2|EE169577
EST:     GTGAGGCCGGATGGATGGTTGGATTATGCAGCTAAAAGGATCGCACAGCT                         TGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCAT
genomic: GTGAGGCCGGATGGATGGTTGGATTATGCAGCTAAAAGGATCGCACAGCTgtaatcttat ... aatttggcagTGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCAT
EST: gi|76288008|gb|DV027576.1|DV027576
EST:     GTGAGGCCGGATGGATGGTTGGATTATGCAGCTAAAAGGATCGCACAGCT                         TGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCAT
genomic: GTGAGGCCGGATGGATGGTTGGATTATGCAGCTAAAAGGATCGCACAGCTgtaatcttat ... aatttggcagTGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCAT
EST: gi|149082841|gb|EE172066.2|EE172066
EST:     GTGACGCCGGATGGATGGTTGGATTATGCAGCTAAAACGATCGCACAGCT                         TGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCAT
genomic: GTGAGGCCGGATGGATGGTTGGATTATGCAGCTAAAAGGATCGCACAGCTgtaatcttat ... aatttggcagTGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtgaaatcaacctctccacattggtactaattcttttgattttaaaatttggcagTGGTGCTGATAAATGTTACAACCACACTCTCTGTGATGAACTTCTTAGCATTTTACTGCCTGCTAAACCCCCTTTCCATCCACGCCAGTTCGCGACATGT
                        tactaattcttttgat  TA-rich tract