Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtcagtctaaagatatatctggtcatgttattaacgtgtttcgactttctgtgttttcccgaaagaaggacacacaacatagaatctctagtttcacatgatatagaactggaaataccagattatacttatatatgtatacaatttgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCGCGTAAAGCACTGGTTTACATTCAATGAGCCAAGGATAGTAGCGCTACTT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G118003_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G118003_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g49600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtaagtcagtctaaagatatatctggtcatgttattaacgtgtttcgactttctgtgttttcccgaaagaaggacacacaacatagaatctctagtttcacatgatatagaactggaaataccagattatacttatatatgtatacaatttgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCGCGTAAAGCACTGGTTTACATTCAATGAGCCAAGGATAGTAGCGCTACTT
                                                       |||| ||     ||    |  ||  |    | |||||| |  ||||  | | || || |   | |   |  |     |||| |    |||| | ||||| ||||||||  | || || || || || ||||||||||| |||||||  ||| |||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||
------------------------------------------------------ctgttgtct----agctaaatgcagcatcctgtatctctggcatcactagctgtataagtaacactctgaagtctggattatcttc--atactacttgttctgtagGGATCTATTCACGGAGTACGCGGACTTCTGTTTCAAGACCTTTGGCAATCGTGTCAAGCACTGGTTTACATTTAATGAGCCAAGGATAGTAGCACTTCTT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22546685|gb|BU098996.1|BU098996
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|87157163|gb|DY401952.1|DY401952
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32848755|gb|CD988436.1|CD988436
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211322178|gb|FK979475.1|FK979475
EST:     CTCTTGCGCTTGAGAAGAA-TATGGAAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTA-GACC
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGA-GGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACC
EST: gi|32928641|gb|CF033453.1|CF033453
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|6826935|gb|AW330578.1|AW330578
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|109179241|gb|EC379886.1|EC379886
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211192948|gb|FK979444.1|FK979444
EST:     CTCTTGCGCTTGAGAAGATATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATC
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAA-GATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATC
EST: gi|211192942|gb|FK979438.1|FK979438
EST:     CTCTTGCGCTTGAGA-GAAATATGGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTAC
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGG-AGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTAC
EST: gi|60397967|gb|DN230783.1|DN230783
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|31611947|gb|CD568569.1|CD568569
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211192947|gb|FK979443.1|FK979443
EST:     CCTCTTGCGCTTGANAAGAAATATGGAGGGTGGTTTAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTRTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|148934074|gb|EC878088.2|EC878088
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTT
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTT
EST: gi|149096066|gb|EE181748.2|EE181748
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|67024539|gb|CO453288.1|CO453288
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211197749|gb|FK979464.1|FK979464
EST:     CTCTTGCGCTTGAGA-GAAATATGGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTT-AAGAACTACGGCGATCG
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGG-AGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|71331060|gb|DR802360.1|DR802360
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|148969028|gb|EE019736.2|EE019736
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32929351|gb|CF034163.1|CF034163
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211322184|gb|FK979481.1|FK979481
EST:     CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGNANGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTA-GACC
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGA-GGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACC
EST: gi|22472597|gb|BU037077.1|BU037077
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211195352|gb|FK979460.1|FK979460
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTA-GAACTACNGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|29543733|gb|CB604113.1|CB604113
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGG-GGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211192936|gb|FK979432.1|FK979432
EST:     CTCTTGCGCTTGAGAA-AAATATGGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTA-GAACTACG
genomic: CTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGG-AGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACG
EST: gi|32929206|gb|CF034018.1|CF034018
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|148931885|gb|EC877350.2|EC877350
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|21760120|gb|BQ635661.1|BQ635661
EST:     CCTCTTGCGCTTGCNAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|148931067|gb|EC873678.2|EC873678
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGAC
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGAC
EST: gi|32928537|gb|CF033349.1|CF033349
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|6564100|gb|AW231722.1|AW231722
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|31353887|gb|CD438244.1|CD438244
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|21390100|gb|BQ528149.1|BQ528149
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211192950|gb|FK979446.1|FK979446
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|6636984|gb|AW261256.1|AW261256
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGCTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGNTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|211195346|gb|FK979454.1|FK979454
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAA-TATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTA-GACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|28909524|gb|CB330973.1|CB330973
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTG
EST: gi|32929111|gb|CF033923.1|CF033923
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32848750|gb|CD988431.1|CD988431
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32837200|gb|CD976878.1|CD976878
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTTGTT-ACAGACTATGCTGA
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTT-GTTTACAGACTATGCTGA
EST: gi|148996928|gb|EE035737.2|EE035737
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTANGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|67018030|gb|CO446779.1|CO446779
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32929433|gb|CF034245.1|CF034245
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32929642|gb|CF034454.1|CF034454
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGCC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32928848|gb|CF033660.1|CF033660
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGGGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32847307|gb|CD986988.1|CD986988
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32837471|gb|CD977149.1|CD977149
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32929091|gb|CF033903.1|CF033903
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGGAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32849499|gb|CD989180.1|CD989180
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|26558653|gb|CA830888.1|CA830888
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|32928412|gb|CF033224.1|CF033224
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCG
EST: gi|101393334|gb|EB818598.1|EB818598
EST:     CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGGGGTTAAGCGCGAAGATGGC                         GGACTTGTTTACAGACTATGCTGAC
genomic: CCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGAC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 624

GCATGACTCCTTACATCAACCTTTACCACTATGATCTTCCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCGCGTAAAGCACTGGTTTACATTCAATGAGCCAAGGATAGTAGCGCTACTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 564

GCATGACTCCTTACATCAACCTTTACCACTATGATCTTCCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCGCGTAAAGCACTGGTTTACATTCAATGAGCCAAGGATAGTAGCGCTACTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 161

GCATGACTCCTTACATCAACCTTTACCACTATGATCTTCCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCGCGTAAAGCACTGGTTTACATTCAATGAGCCAAGGATAGTAGCGCTACTT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 356

GCATGACTCCTTACATCAACCTTTACCACTATGATCTTCCTCTTGCGCTTGAGAAGAAATATGGAGGGTGGTTAAGCGCGAAGATGGCgtaagtcagt ... tgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCGCGTAAAGCACTGGTTTACATTCAATGAGCCAAGGATAGTAGCGCTACTT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatagaactggaaataccagattatacttatatatgtatacaatttgttttgtagGGACTTGTTTACAGACTATGCTGACTTCTGTTTTAAGACCTACGGCGATCGCGTAAAGCACTGGTTTACATTCAATGAGCCAAGGATAGTAGCGCTACTT
                                           tttgtttt  CT-rich tract
                    attatacttatatatg  TA-rich tract