Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgaagtaaaggagatccatggatctctccacacccatcctaggtgaagcagacctgtgaactttatgattagttgttgatgtactctcttcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCATCATTAATGCCTGGACTTCTGGGTATCATGGTTGGACATCTCTACTACT

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G117388_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G117388_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os05g09550.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-------------ttgaagtaaaggagatccatggatctctcca---cacccatcctaggtgaagcagacctgtgaact---ttatgattagttgttgatg-tactctcttcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCATCATTAATGCCTGGACTTCTGGGTATCATGGTTGGACATCTCTACTACT
              |    || |    |  |   |  || |  |   || | ||  | | |  |  || | |||| |     ||||| ||  |||| | |  ||  |||   || |||||||||||||||| |||||||| |||||    ||||||||||||||||| |||    || | ||||| |||||||| ||  | ||||||||    |||||||
gtaagcttcactactaccatatatagaactcgatgccctttataggtcatcaatattggtttca--agtcttgtggagcaaattatgtttgattgtggttaatatactccatttctgcagTCCTTTTATCTACCATGGGCAATGCTTGGGTTGGATGTGATATTTGGCTCAGAGATACTCCCTGGCCTTCTGGGAATTCTCGTTGGACACACGTACTACT
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21331882|gb|BQ487263.1|BQ487263
EST:     GAGAGAATCCCAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|21389975|gb|BQ528024.1|BQ528024
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|40336279|gb|CK370349.1|CK370349
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|60672357|gb|DN475118.1|DN475118
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTTATCTTCCATGGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGAATATTTGGG
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTT-ATCTTCCATGGG-CTATGCTCTTATTGGATGTGA-TATTTGGG
EST: gi|33102075|gb|CF062035.1|CF062035
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|37392930|gb|CF633718.1|CF633718
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|24934294|gb|CA452512.1|CA452512
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211211598|gb|FL477381.1|FL477381
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211191573|gb|FL254973.1|FL254973
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|67030179|gb|CO458928.1|CO458928
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211267821|gb|FL116409.1|FL116409
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCGTTTTATCTCCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGGTGATATTTGGGTC
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATG-TGATATTTGGGTC
EST: gi|16927150|gb|BM080219.1|BM080219
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211028978|gb|FL127257.1|FL127257
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|32945665|gb|CF050484.1|CF050484
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|67018558|gb|CO447307.1|CO447307
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211211597|gb|FL477380.1|FL477380
EST:     GAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|60397359|gb|DN230175.1|DN230175
EST:     GAGAG-ATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|93012514|gb|EB638034.1|EB638034
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211342720|gb|FL460317.1|FL460317
EST:     AATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: AATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211028981|gb|FL127260.1|FL127260
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGGGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|67029845|gb|CO458594.1|CO458594
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|71438420|gb|DR819470.1|DR819470
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|211342721|gb|FL460318.1|FL460318
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|67040755|gb|CO467010.1|CO467010
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|93015533|gb|EB641053.1|EB641053
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|71438460|gb|DR819510.1|DR819510
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|71767312|gb|DR965249.1|DR965249
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|111145818|gb|EE257958.1|EE257958
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         ACCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGGGGATATTTGGG
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTG-ATATTTGGG
EST: gi|60349033|gb|DN216006.1|DN216006
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|71767311|gb|DR965248.1|DR965248
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
EST: gi|32932771|gb|CF037583.1|CF037583
EST:     GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGG                         TCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA
genomic: GAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 339

TTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCATCATTAATGCCTGGACTTCTGGGTATCATGGTTGGACATCTCTACTACT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 447

TTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCATCATTAATGCCTGGACTTCTGGGTATCATGGTTGGACATCTCTACTACT


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 511

TTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCATCATTAATGCCTGGACTTCTGGGTATCATGGTTGGACATCTCTACTACT


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1235

TTTTTTCTTAGGAATACCTATGGTCAGCATGCTCCTTTATGTCTGGAGCCGAGAGAATCCAAATGCTCAGATAAATATATACGGCCTCGTCCAATTGAGGgtatgtaatt ... tcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCATCATTAATGCCTGGACTTCTGGGTATCATGGTTGGACATCTCTACTACT




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaagcagacctgtgaactttatgattagttgttgatgtactctcttcttttgcagTCCTTTTATCTTCCATGGGCTATGCTCTTATTGGATGTGATATTTGGGTCATCATTAATGCCTGGACTTCTGGGTATCATGGTTGGACATCTCTACTACT
                             tgttgat  putative branch site (score: 1235)
                                   tgtactctcttctttt  CT-rich tract
                 tttatgatta  TA-rich tract