Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttcggttattattagctcctttctttttcgaatgatttatggaacttcttttcgacttgatttgtcgtagatgttagtctcagtaattatttggactttttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAACCCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G114220_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G114220_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os04g48770.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtaagttcggttattattagctcctttctttttcgaatgatttatggaacttcttttcgacttgatttgtcgtagatgttagtctcagtaattatttggactttttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAACCCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGG
                                  | | | |  ||   |  ||||||  |||    | | | |||||     |  || ||||| ||| | ||  |  ||| ||||||  ||||||| || || |||||||| |||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||| ||||| |||||||||||
----------------------------------gtaagctcaatctcagctcttttatactc---tggccttagat-----ttacattaattgttttggctcctc-taacagCTTCTCTGCACATTGAATATCCTATGCTGTTTGAGTTGCATAATGATGCAACTCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTGCTGGAATTTGTGGCAGAAGAAGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211392505|gb|FL156794.1|FL156794
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211389874|gb|FL156779.1|FL156779
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211389876|gb|FL156781.1|FL156781
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211389878|gb|FL156783.1|FL156783
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAC
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392499|gb|FL156788.1|FL156788
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392496|gb|FL156785.1|FL156785
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211389879|gb|FL156784.1|FL156784
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|50338446|gb|CO533572.1|CO533572
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392507|gb|FL156796.1|FL156796
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392498|gb|FL156787.1|FL156787
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|76909136|gb|DV163240.1|DV163240
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|6637070|gb|AW261342.1|AW261342
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|71417924|gb|DR804257.1|DR804257
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392504|gb|FL156793.1|FL156793
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392503|gb|FL156792.1|FL156792
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|91049005|gb|EB159423.1|EB159423
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|32859779|gb|CD999460.1|CD999460
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|32862738|gb|CF002420.1|CF002420
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211395124|gb|FL156801.1|FL156801
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392510|gb|FL156799.1|FL156799
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211395123|gb|FL156800.1|FL156800
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211392502|gb|FL156791.1|FL156791
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|211389877|gb|FL156782.1|FL156782
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|91873355|gb|EB403312.1|EB403312
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|14242735|gb|BG840580.2|BG840580
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|213183590|gb|FM196389.1|FM196389
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
EST: gi|93015584|gb|EB641104.1|EB641104
EST:     TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTG                         CTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA
genomic: TAATAATGCCACCTTCTGCCCTTGATCGTCTTGgtaagttcgg ... tttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gacttgatttgtcgtagatgttagtctcagtaattatttggactttttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAACCCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGG
 acttgat  putative branch site (score: 5)
                                          ctttttgt  putative PPT
                            agtaattattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaagttcggttattattagctcctttctttttcgaatgatttatggaacttcttttcgacttgatttgtcgtagatgttagtctcagtaattatttggactttttgtaatagCTTCCTTGCACATCGAGTACCCTATGCTATTTGAGCTGCACAATGATGCAACCCAGCGGATTTCACACTGTGGTGTTTTGGAGTTTGTTGCAGAAGAAGG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG