Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagcttttggcaccctcatctatcagctaattgtttatgattctgattcgagattgccaaggcaaagtagtagtagtaatacatttgatccttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCTGACTTCAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCTATGATAACTGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G114172_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G114172_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 4
lower sequence: LOC_Os01g65450.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtaagc-ttttggcaccctcatctatcagctaattgtttatgattctgattcgagattgccaaggcaaagtagtagtagtaatacatttgatccttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCTGACTTCAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCTATGATAACTGTG
|||||| |||||  | ||| ||||||||| ||| || ||||| || || |  || |      | | |||| |        |||||| |||  | ||| |||||| ||||||||||||| | |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
gtaagcgttttgtgatcctgatctatcagttaactggttatggttgtgctgtgaaac-----aagtaaagaaa-------aatacaattggcctttgaatgcagCATGAAATGGGTGGGGATGAAGATGGACCAACTTGGAGTTCTTGGCAACCCCAACTACAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCGATGATAACTGTG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78106133|gb|DV524551.1|DV524551
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|37401670|gb|CF638203.1|CF638203
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78180520|gb|DV551013.1|DV551013
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78090560|gb|DV518934.1|DV518934
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|8551534|gb|BE128880.1|BE128880
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78113537|gb|DV531928.1|DV531928
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|211170844|gb|FL475252.1|FL475252
EST:     CAAAA-ATGACATCATGAAAGGGTCAGCAACTAG                         TTTGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|76021043|gb|DT948213.1|DT948213
EST:     TTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|148958196|gb|EC904401.2|EC904401
EST:     TTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78543692|gb|DV621190.1|DV621190
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|9743097|gb|BE519245.1|BE519245
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|110957655|gb|EE177707.1|EE177707
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|20337038|gb|BQ172668.1|BQ172668
EST:     GCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAGCTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: GCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78106134|gb|DV524552.1|DV524552
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|60351760|gb|DN218733.1|DN218733
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78103926|gb|DV522344.1|DV522344
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|71772417|gb|DR970350.1|DR970350
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|12058284|gb|BF733104.1|BF733104
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|149088593|gb|EE177708.2|EE177708
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|37401175|gb|CF637951.1|CF637951
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|32845859|gb|CD985540.1|CD985540
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|78090561|gb|DV518935.1|DV518935
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
EST: gi|101394401|gb|EB819135.1|EB819135
EST:     CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAG                         TATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC
genomic: CTCACAGCTGCATATGCAAAATATGACATCATGATATGGTCAGCAACTAGgtaagctttt ... ttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttcgagattgccaaggcaaagtagtagtagtaatacatttgatccttggatgcagTATGAAATGGGTGGAGTTGAAAATGGAACAACTTGGAGTTCTTAGCAACCCTGACTTCAAAATTACTGCTCTTATGGATCACTTGGCTATGATAACTGTG
                                    atttgat  putative branch site (score: 5)
                                          tcctt  CT-rich tract
                              taatacattt  TA-rich tract