Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgattttgagttatgagcaaagaactgttatgccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTACCATTGATATAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G113619_T04
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g24650.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtgattttgagttatgagcaaagaactgttatgccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTACCATTGATATAAG
|||| |||  |||   |  |   | || |  | ||   | ||||    || |    | |      ||||| ||  | | || |||||||| |||||||| || |||||||||||| | ||    ||||||||||||||||||||||| || ||
gtgaatttatgttcaaatgattcatctttccttcc---tccacaggagcaatcctgaatttgacctgttggaatgaca-ttactgcagCCATATGAACACGGTTACACTGCACCTACTAGGCCTCATCCTGATGAAACTACCATTGACATCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78086642|gb|DV515035.1|DV515035
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|78089708|gb|DV518082.1|DV518082
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|76280760|gb|DV020328.1|DV020328
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGGCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|91053257|gb|EB163675.1|EB163675
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|71424785|gb|DR806435.1|DR806435
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|71766652|gb|DR964589.1|DR964589
EST:     TAACAT-TGAAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGC-CCTCCCCAGAGGCCATCCTGATGAAAC
genomic: TAACATGTG-AAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCT-CCCAGAGGCCATCCTGATGAAAC
EST: gi|50325343|gb|CO520469.1|CO520469
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAG
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAG
EST: gi|93283253|gb|EB675517.1|EB675517
EST:     AACGATGGTGCCATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|93284055|gb|EB676319.1|EB676319
EST:     GAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: GAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|211143062|gb|FL281157.1|FL281157
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|91057080|gb|EB167498.1|EB167498
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|8551597|gb|BE128942.1|BE128942
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|71766653|gb|DR964590.1|DR964590
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|440689|gb|T14710.1|T14710
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|76291932|gb|DV031500.1|DV031500
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTACCATTGATATAAG
                      tactaaa  putative branch site (score: 1)
                                             ctttctgc  putative PPT
                  ttaatactaaattttg  TA-rich tract