Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgattttgagttatgagcaaagaactgttatgccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTACCATTGATATAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G113619_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G113619_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g24650.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
gtgattttgagttatgagcaaagaactgttatgccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTACCATTGATATAAG
|||| |||  |||   |  |   | || |  | ||   | ||||    || |    | |      ||||| ||  | | || |||||||| |||||||| || |||||||||||| | ||    ||||||||||||||||||||||| || ||
gtgaatttatgttcaaatgattcatctttccttcc---tccacaggagcaatcctgaatttgacctgttggaatgaca-ttactgcagCCATATGAACACGGTTACACTGCACCTACTAGGCCTCATCCTGATGAAACTACCATTGACATCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78086642|gb|DV515035.1|DV515035
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|78089708|gb|DV518082.1|DV518082
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|76280760|gb|DV020328.1|DV020328
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGGCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|91053257|gb|EB163675.1|EB163675
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|71424785|gb|DR806435.1|DR806435
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|50325343|gb|CO520469.1|CO520469
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAG
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAG
EST: gi|93283253|gb|EB675517.1|EB675517
EST:     AACGATGGTGCCATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|93284055|gb|EB676319.1|EB676319
EST:     GAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: GAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|71766652|gb|DR964589.1|DR964589
EST:     TAACAT-TGAAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGC-CCTCCCCAGAGGCCATCCTGATGAAAC
genomic: TAACATGTG-AAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCT-CCCAGAGGCCATCCTGATGAAAC
EST: gi|211143062|gb|FL281157.1|FL281157
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|91057080|gb|EB167498.1|EB167498
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|8551597|gb|BE128942.1|BE128942
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|71766653|gb|DR964590.1|DR964590
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|440689|gb|T14710.1|T14710
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
EST: gi|76291932|gb|DV031500.1|DV031500
EST:     AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAG                         CCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT
genomic: AACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 117

TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTACCATTGATATAAG


Block sizes: 45 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 49

TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTACCATTGATATAAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 81

TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTACCATTGATATAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 100

TATGCTCATAGGACTTGTGTACAACGATGGTGCAATGAGAAAGGAGATGTAACATGTGAAATATGTCATGAGgtgattttga ... ctttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTACCATTGATATAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccaatttcacaatgacagttaatactaaattttgttgaaaaaaaactttctgcagCCTTATGAACATGGGTACACTGCACCTCCCAGAGGCCATCCTGATGAAACTACCATTGATATAAG
                      tactaaa  putative branch site (score: 100)
                                             ctttctgc  putative PPT
                  ttaatactaaattttg  TA-rich tract