1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttgttatccatttatactggcccctgattacatatttcatcagtatttaagtatttacccatttgatatatatttttgcttatggccctgtttggcatagTTTATTTTCAGCTTCTTCACAAATTTAAGCCGAAGTTCTGCCAAACAGACAGCTTCTGCAGCAGCTTATCAGTTCAGCTGCTTCTCAAAATGAAATAAAA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G112337_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACTGACTAGACTCCTTTCTGCATTAGGAGAGTCATCTATTTCTGGTGCT TTTATTTTCAGCTTCTTCACAAATTTAAGCCGAAGTTCTGCCAAACAGACA
genomic: AACTGACTAGACTCCTTTCTGCATTAGGAGAGTCATCTATTTCTGGTGCTgtaagtatct ... tttggcatagTTTATTTTCAGCTTCTTCACAAATTTAAGCCGAAGTTCTGCCAAACAGACA
tttaagtatttacccatttgatatatatttttgcttatggccctgtttggcatagTTTATTTTCAGCTTCTTCACAAATTTAAGCCGAAGTTCTGCCAAACAGACAGCTTCTGCAGCAGCTTATCAGTTCAGCTGCTTCTCAAAATGAAATAAAA
atttgat putative branch site (score: 5)
ccctgttt putative PPT
atttgatatatatttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttgttatccatttatactggcccctgattacatatttcatcagtatttaagtatttacccatttgatatatatttttgcttatggccctgtttggcatagTTTATTTTCAGCTTCTTCACAAATTTAAGCCGAAGTTCTGCCAAACAGACAGCTTCTGCAGCAGCTTATCAGTTCAGCTGCTTCTCAAAATGAAATAAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - tactggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccatttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggccctg