Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ctccttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagctcagTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101217_T05
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101217_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g68390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
ctccttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctt-tatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagctcagTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAA
               |       || | ||  || ||| |||  | ||  ||||| ||   |||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||   || || |||     
--------------gtaaggaaaccttcctt-cactttatgatctctgttatgtgatcgaatatgctttgaccttgcttttatcttaatttgctagCTCAGTAGAAATTAGTTCCTCTCTAGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAGGTGCGAAGCCATTTGTCAAAGTTCATGGTTGAGTGTCGTGACGCA-----
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71448748|gb|DR829798.1|DR829798
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|71448748|gb|DR829798.1|DR829798
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|76910427|gb|DV163865.1|DV163865
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         TAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcagTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAG
EST: gi|93012641|gb|EB638161.1|EB638161
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         TAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcagTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAG
EST: gi|74245283|gb|DT653197.1|DT653197
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         TAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcagTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAG
EST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|71299666|gb|DR785841.1|DR785841
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|71299666|gb|DR785841.1|DR785841
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|19436955|gb|BM953365.1|BM953365
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|19436955|gb|BM953365.1|BM953365
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-
EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... gctagctcag-


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagctcagTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAA
                        accttac  putative branch site (score: 3)
                                tttatctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ctccttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagctcagTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAGCA