Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagctcagtagAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G101217_T03
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G101217_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g68390.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
cttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctt-tatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagctcagtagAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAG
            |       || | ||  || ||| |||  | ||  ||||| ||   |||||||||||||| | |||||||| |||||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||| |||   || || |||        
-----------gtaaggaaaccttcctt-cactttatgatctctgttatgtgatcgaatatgctttgaccttgcttttatcttaatttgctagCTCAGTAGAAATTAGTTCCTCTCTAGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAGGTGCGAAGCCATTTGTCAAAGTTCATGGTTGAGTGTCGTGACGCA--------
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|76924073|gb|DV169790.1|DV169790
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|76924073|gb|DV169790.1|DV169790
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|76924073|gb|DV169790.1|DV169790
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|76924073|gb|DV169790.1|DV169790
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50325602|gb|CO520728.1|CO520728
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|71418854|gb|DR804568.1|DR804568
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         AGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGC
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtagAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGC
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|71327533|gb|DR800378.1|DR800378
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|71327533|gb|DR800378.1|DR800378
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|71327533|gb|DR800378.1|DR800378
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|71327533|gb|DR800378.1|DR800378
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-
EST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
EST:     TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT                         C
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtag-

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 2 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 17 (upstream exon), 33 (downstream exon)
Score: 1

TATACGAGATTGGTGGTGGCTCTGGAACATGCGCAAAGTGCATACTTGATTACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtagAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAG


Block sizes: 13 (upstream exon), 37 (downstream exon)
Score: 1

TATACGAGATTGGTGGTGGCTCTGGAACATGCGCAAAGTGCATACTTGATTACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... agctcagtagAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAG




<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagctcagtagAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAG
                     accttac  putative branch site (score: 1)
                             tttatctt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagctcagtagAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCAATTAACAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- -gtgctgc
- - - - - catgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catgtgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgctt