1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaagcatatgtatcttcatttcttgattcaatatcagaaattcagaataatatagggttcaagcattccatataaaggtagatattactggcagtggttactccttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G101217_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|76910427|gb|DV163865.1|DV163865
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT -T-AG-AGA--TTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|93012540|gb|EB638060.1|EB638060
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|50336106|gb|CO531232.1|CO531232
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAEST: gi|148959299|gb|EE010710.2|EE010710
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAA
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|101391071|gb|EB817469.1|EB817469
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|19436955|gb|BM953365.1|BM953365
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|50337135|gb|CO532261.1|CO532261
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|71448748|gb|DR829798.1|DR829798
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|74245283|gb|DT653197.1|DT653197
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT -T-AG-AGA--TTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|71299666|gb|DR785841.1|DR785841
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|71312573|gb|DR792811.1|DR792811
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|93012641|gb|EB638161.1|EB638161
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT -T-AG-AGA--TTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|93012306|gb|EB637826.1|EB637826
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGEST: gi|76281532|gb|DV021100.1|DV021100
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
EST: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACAT CTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
genomic: TACATGATGCTGAATGCGCCACCAAAAGTCTACAATGATATGAAATACATgtaagcatat ... catttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGG
gacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCA
accttac putative branch site (score: 3)
ccttacctttatcttc CT-rich tract
tttatctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagcatatgtatcttcatttcttgattcaatatcagaaattcagaataatatagggttcaagcattccatataaaggtagatattactggcagtggttactccttgtgctgccatgcttttgccgttctagcattttgtgacatgtggcatgtgctctttatgctttgaccttacctttatcttcatttgctagCTCAGTAGAGATTAGCTCCTCTCTTGCTGAGAAGCAATTGGAAACTGTTGGTGAAGTGCAAAGCCATTTGTCAAAGTTCACGGTGGAGCACCGGGATGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA