Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtggttgatatgcttaaaacttcaaaagaataataatgcgatgatgacaggcttactttgctcttgttacttggtggaaacagACAAGTCGGCAAGCTTATTAGAGTGGCACAAGAGGTATGCTATTGCTATTGGTATAGCAAAAGGGCTGCGATTTCTACACGAGGAATGTCGTGCTGGTCC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G100454_T03
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G100454_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g65940.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
----gtatgtggttgatatgcttaaaact-tcaaaagaataataatgcgatgatgacaggcttactttgctcttgttacttggtggaaacagACAAGTCGGCAAGCTTATTAGAGTGGCACAAGAGGTATGCTATTGCTATTGGTATAGCAAAAGGGCTGCGATTTCTACACGAGGAATGTCGTGCTGGTCC
    |    | |||||| |||  |||    |  | |   | |  |||  | | || |    |||||||||||  || ||||| || ||| |||||||   |||| |||| | || |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
gtaagagcttagttgatgtgcagaaagtaatttatattgtgaagatg-aagggtggctaatttactttgctc--gtcacttgatg-aaatagACAAGGACGCAAACTTACTGGAATGGCACAAGAGGCATGCTATTGCCCTTGGTATAGCAAAAGGGCTGCGTTTTCTACACGAAGAATGTCGTGCTGGTCC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aataataatgcgatgatgacaggcttactttgctcttgttacttggtggaaacagACAAGTCGGCAAGCTTATTAGAGTGGCACAAGAGGTATGCTATTGCTATTGGTATAGCAAAAGGGCTGCGATTTCTACACGAGGAATGTCGTGCTGGTCC
                     ggcttac  putative branch site (score: 3)
                        ttacttt  TA-rich tract