1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...aaaaaaaaccacagtgttggcattttatcaccagcatggaccaaacctgctctgttgcttgtcatatagtgatgattctcaaacacttgctctgcaacagTTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAGAAAACGCTGTTAACCGAGGAGGATCTGGAGAATTTGGCGCAGGATGGCA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G097605_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAG TTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAGEST: gi|211462979|gb|FL459139.1|FL459139
genomic: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAGgtatgcttta ... tctgcaacagTTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAG
EST: ATGCGCACCTAAATYTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAG TTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAGEST: gi|37383190|gb|CF628585.1|CF628585
genomic: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAGgtatgcttta ... tctgcaacagTTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAG
EST: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAG TTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAGEST: gi|71429989|gb|DR811039.1|DR811039
genomic: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAGgtatgcttta ... tctgcaacagTTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAG
EST: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAG TTTTTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGCCAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAGEST: gi|86467670|gb|DY234040.1|DY234040
genomic: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAGgtatgcttta ... tctgcaacagTTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAG
EST: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAG TTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAGEST: gi|61118799|gb|DN559760.1|DN559760
genomic: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAGgtatgcttta ... tctgcaacagTTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAG
EST: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAG TTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAG
genomic: ATGCGCACCTAAATCTGAGCACTGATATGGCTCTCCATATAGCTCGTGAGgtatgcttta ... tctgcaacagTTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAG
cctgctctgttgcttgtcatatagtgatgattctcaaacacttgctctgcaacagTTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAGAAAACGCTGTTAACCGAGGAGGATCTGGAGAATTTGGCGCAGGATGGCA
cttgctct CT-rich tract
tcatata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaaaaaaaccacagtgttggcattttatcaccagcatggaccaaacctgctctgttgcttgtcatatagtgatgattctcaaacacttgctctgcaacagTTTCTCCGGAGGATGGCACAGCCATATGACAAGGCGGGAAGCGGTGGCAAGAAAACGCTGTTAACCGAGGAGGATCTGGAGAATTTGGCGCAGGATGGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
aaaaaaa
- - - - - - - tgttggc
- - - - - - - - - - - - - - - - -gcatgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cacttgc