Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...catacatgagttttgtttcaacagataccactttatggtgacaatttagttgtcacgcactattgatttgtctgaaatgacagtcgtttctttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094444_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094444_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g11510.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
catacatgagttttgtttcaacagataccactttatggtgacaatttagttgtcacgcactattgatttgtctgaaatgaca--gtcgtttctttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
 ||  |  ||          | |    ||  |   || ||| |   ||||| |||  || |     ||| | | || |||||   || ||| |      ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||||| |||
-atgta-aagagacaaactgatactatcccttgcgtgatgataggctagttatcattcatttcctttttctttaaactgacacaatcttttgtcatacacagATACTGGTCTACACTTGCCAGGGATGTACCTTTTGCTGGTCTTATG

upper sequence: GRMZM2G094444_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv17s0000g07290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
---------catacatgagttttgtttcaacagataccactttatggtgacaatttagttgtcacgcactattgatttgtctgaaatgacagtcgtttctttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
         ||   ||   ||   ||   ||| ||      || | |     ||  |  | |||     | || |||  ||| |  |     |   ||| || | ||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| |||| || |||
actgttgcccaccaatacattgcattcatacaaattgtgtcttctag-----atcca--tatcatattttctttatt--tctaagtttcttttttgttcattttggcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGGGATGTGCCATTTTCTGGGCTCATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|24961534|gb|CA483545.1|CA483545
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|76293128|gb|DV032696.1|DV032696
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|31355816|gb|CD440173.1|CD440173
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|93013218|gb|EB638738.1|EB638738
EST:     CTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGGCTTGA-GGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCC-TTTT
genomic: CTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGG-CTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTT
EST: gi|71328897|gb|DR801131.1|DR801131
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|71328899|gb|DR801132.1|DR801132
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|33094892|gb|CF054886.1|CF054886
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|91049487|gb|EB159905.1|EB159905
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|94472734|gb|EB701692.1|EB701692
EST:     GCTGGCTGTTTTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|60356268|gb|DN223241.1|DN223241
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|91055834|gb|EB166252.1|EB166252
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|74244669|gb|DT652583.1|DT652583
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|60394099|gb|DN226969.1|DN226969
EST:     AGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: AGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|213191961|gb|FM189272.1|FM189272
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|76288143|gb|DV027711.1|DV027711
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|149089237|gb|EE178440.2|EE178440
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|78117346|gb|DV535733.1|DV535733
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|24934873|gb|CA453091.1|CA453091
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
EST: gi|24774093|gb|CA409347.1|CA409347
EST:     GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGG                         ATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
genomic: GCTGGCTGTTCTATCTGGAGAGACCATGGCTTGAAGGGGCTTTATGCAGGgtattgacac ... tttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttagttgtcacgcactattgatttgtctgaaatgacagtcgtttctttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG
               tattgat  putative branch site (score: 3)
                                      tcgtttctttcttgc  putative PPT
               tattgattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
catacatgagttttgtttcaacagataccactttatggtgacaatttagttgtcacgcactattgatttgtctgaaatgacagtcgtttctttcttgcagATACTGGTCTACGCTTGCCAGAGATGTCCCTTTTGCTGGTCTAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG