Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgcatcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G094051_T03
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os04g51630.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
-aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgcatcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgt---ttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
     ||  | ||      || | ||| | ||||||  ||  || |          | ||    |  ||||   ||||||| | | |  | |||| |   ||||||||||||| |||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||  | |||||| |||||||||||
attttaatttgaattgtctagggtctgaaatagttcaagcccctaatgactagagttgat----tattgatcttcttactagattagtgattcttatgttttagGTACCCAAATTTGAAGAGTGTCCGTGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTCAACAAGCAAAGAATCCCTCTTACAAACAACAAAGTCATCGAG

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os08g13690.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctg--catcttag---cttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatct----tgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
             |  | |||| ||  | ||| |  ||  | | ||||   |||||| | |  |    ||||      || | | ||||  |   |||    || | |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| |||||    |||||| ||||||| |||
--------gggttctcatagtgacttta-tagcttttgagcttgttagatacttggttatttttaatgttctacctggctgaatcaagtaccttctctggtgtgatcagGTACCCAAACCTGAAGAGTGTCAGGGAATTGATCTACAAGAGGGGTTACGGAAAGCTCAACAAGCAGAGGATTCCTCTTCAGAACAACAAAGTCATTGAG

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA09G06860.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgcatcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
               |  ||||   |    |   | |  ||  |    ||||   | | ||||  |    |  |||| ||   | |||||||   || |||||||| || ||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||  |  |     |||||    |  | || 
---------------gtaagtgaaagttcaacgacattgattgtcatatggttcattacctgcaccacgggttcttaatat--ttgcaaatccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTAAAAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAAGTTAACAAGCAGAGAATTGCCTTAAATGACAACTCTATTGTTGAA

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA08G23750.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgc-atcttagcttggtgac--tcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgttt-agGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
                   ||   |  | |  | ||||| ||  |   ||  | |   | ||  | || |        || | |     |   | |||||| || ||||||||  | |||||||| || ||  | || |||||||| || ||||||||||| |||||||||||||   ||||  |  |||||    |||| |||
-------------------gtatgtttact--tccctgccatacttatttaattatgattataggtttttataactgctaatgagacttctgcttttgttttagATACCCAAATCTTAAGAGTGTGAGAGAACTTATTTACAAGAGAGGGTATGGAAAGCTAAACAAGCAGAGGACTGCTCTAACTGACAACTCCATCATTGAG

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA15G18170.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgcatcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaa-agtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
                   ||   || |       || ||| | |   |  ||  |||| | | |         ||  ||| | | |||||||   || |||||||| || ||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||| ||  || || |  |||||    | || || 
-------------------gtaagtgaaagttcaactacat-tgattctcatggttcat-tacctgcaccatggttcttaatatttgcaaatccacttcagGTACCCTAATTTGAAGAGTGTTAGAGAATTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAAGTTAACAAGCAGAGAATTGCTTTGACAGACAACTCTATTATTGAA

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G01250.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgcatctta-gcttggtgact-catctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
       ||  |  | ||| |  |      |   | |  |||| | |||  | ||   ||   |  |   |     | |||    |  |   | || || || | ||| |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| || || |||||||| ||| | ||||||||  || || |  |||||    |  | |||
-----gtatgta-tatacactctcatcctaaaccctttaatctgatgctatgagataacaagagtcttgaagagtgtgacttttct--cttctgtttttcagATTCCCTAACTTGAAGAGTGTCAAGGAATTGATCTACAAGAGAGGTTACGGAAAGCTTAACCACCAGAGGATAGCTTTGACTGACAACTCTATTGTAGAG

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G44120.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgcatcttagcttggtga-ctcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
            | |  || | |      |   || | ||       |  || | || | ||   | || ||  || |    | ||  | |||| ||  || ||||||||||||||||| || | |||  |||||||||| || || ||||||||||||||| | ||||||||  | ||  |  |||||    |  | || 
------------gtatgcaat-ctgattctctctctttcaataggattatgtaaactaaacta--tatgctgctctaaaccgaatgatatatctggtgcagATACCCAAACTTGAAGAGCGTTAAGGAACTGATCTACAAAAGAGGTTATGGAAAGCTGAACCACCAGAGGATAGCACTTACTGACAACTCCATTGTGGAT

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00030.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
--aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgcatcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
  ||  | |  |          | | |  | |  |      |   ||   | ||     ||    || | |||    || | |  |  ||||| ||  |||||||||| || |||||||||||  | || ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||||||||| |   |  || || |||||    |  | || 
gtaagtatctcactctttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatagtattcatttgtaatg----tatttatatttcaaatatt--ttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACGGAAAGTTGAACAAGCAGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00210.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
-aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgca---tcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
  ||  |  | |  |      |      |  |     |  |   |  |    | |||  | ||    |||| |||    || | |  | |||||| ||  |||||||||| || |||||||||||  | ||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   |  || || |||||    |  | || 
gtaagtatcttactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagttctgaacttgtgtattattcatttctaatg----tatttatattgcaaatatt--ttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAACTGATTTACAAGAGGGGCTATGGAAAGTTGAACAAGCAGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00090.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 3
-aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgca-----tcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
    ||  ||    |          |     || ||||  |     |  |    | ||   | ||    |||| |||    || | |  | |||||| ||  |||||||||| || |||||||||||  | ||  |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |   |  || || |||||    |  | || 
gggtaagtatcttactcttttgtttttcttaagatcctataaaaagttctgaacttgtatattattcatttctaatg----tatttatattgcaaatatt--ttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAACTGATTTACAAGAGGGGCTATGGAAAGTTGAACAAGCAGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv11s0052g00290.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgcatcttagcttggtgactcatctgcttctgatgacc-ttactaaagtggcaaatcttgttt-agGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
               |   |||    || |     || |||        ||   |  |||| |   ||    |  ||| | |  |    ||  |||||| ||||| || || || ||||||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |   ||||| |  | |||  | |||| || 
---------------gtatgtgttctgactgccaacttcataaccttcagggatcatatctccacatgcaatctgttattcatatactgaagattgtttcagGTATCCCAATTTAAAGAGTGTCAGGGAACTGATTTACAAGAGGGGTTATGGAAAACTTAACAAGCAGAGAACTGCTCTGACTGATAACTCAATCATTGAA

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00060.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-aaaaaacataaagcagacagtg--cctggagtagttcctgcatcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
  ||  |  | |  |      |   | |  | |  |      |   ||   | ||     ||    |||| |||    || | |  | |||||| ||  |||||||||| || |||||||||||  | || ||||| ||||||||||| ||  ||||| ||||||||| ||| |   |  || || |||||    |  | || 
gtaagtatctcacccttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatagtattcatttctaatg----tatttatattgcaaatatt--ttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGTGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTACAGAAAGTTGAACAAGCTGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv09s0054g00010.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
-aaaaaacataaagcagacagtg--cctggagtagttcctgcatcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
  ||  |  | |  |      |   | |  | |  |      |   ||   | ||   | ||    |||| |||    || | |  | |||||| ||  |||||||||| || |||||||||||  | || ||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| |   |  || || |||||    |  | || 
gtaagtatctcactcttttgtttttcttaaaatcctataaaaagtctaaacttgtatattattcatttctaatg----tatttatattgcaaatatt--ttagGTACCCCAATTTGAAGAGTGTGCGAGAATTGATTTACAAGAGGGGGTATGGAAAGTTGAACAAGCAGAGAACTGCCTTGACCGACAACTCCATTGTGGAA

upper sequence: GRMZM2G094051_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S11_173V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 4
---------------------aaaaaacataaagcagacagtgcctg---gagtagttcctgcatcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
                      || || ||||      | ||||||       |  ||   ||| |      || |   | |  |  |||  |||   |||| |   | | |   ||||   ||  |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| | || || |||||  | ||||||  | | | | ||||  |  |||||    ||||||| 
gtaattaaactctggagcaattaataatataagcgtttcggtgcctacgaagatgtttttcgcacccctatgtgttagtttaaatttttcacatg-ttttaccatgattgta---cttgc--agCAACCCGAACTTGAAGAGTGTCCGGGAGTTGATCTACAAGCGTGGGTACGGAAATGTAAACAAGTCGCGCACCGCTCTTACGGACAACACCATCATCGAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211177245|gb|FL341482.1|FL341482
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|78026781|gb|DV495168.1|DV495168
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|19436979|gb|BM953389.1|BM953389
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|71311932|gb|DR792458.1|DR792458
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211162458|gb|FL355955.1|FL355955
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGGTCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|94472207|gb|EB701165.1|EB701165
EST:     GGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: GGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211094483|gb|FL367316.1|FL367316
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCNAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTC-AGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATG
EST: gi|211483249|gb|FL325697.1|FL325697
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|9732809|gb|BE511561.1|BE511561
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211041717|gb|FL025840.1|FL025840
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|78112606|gb|DV531000.1|DV531000
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60349187|gb|DN216160.1|DN216160
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|71759958|gb|DR957895.1|DR957895
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATTTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|93016886|gb|EB642406.1|EB642406
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGGTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|31558660|gb|CD527872.1|CD527872
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|31611989|gb|CD568611.1|CD568611
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|22545876|gb|BU098115.1|BU098115
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|7216487|gb|AW562609.1|AW562609
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|67011751|gb|CO440500.1|CO440500
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|29130012|gb|CB380716.1|CB380716
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|86471442|gb|DY237812.1|DY237812
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60352654|gb|DN219627.1|DN219627
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|9255093|gb|BE345561.1|BE345561
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|37397315|gb|CF635954.1|CF635954
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60355362|gb|DN222335.1|DN222335
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211308607|gb|FL359637.1|FL359637
EST:     AGGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GGTACC-AAACTTGAAGAGTGTCA
genomic: AGG-CGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagG-TACCCAAACTTGAAGAGTGTCA
EST: gi|60396956|gb|DN229775.1|DN229775
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|5152780|gb|AI759078.1|AI759078
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60349587|gb|DN216560.1|DN216560
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211374992|gb|FL316972.1|FL316972
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211216313|gb|FL351396.1|FL351396
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|29946407|gb|CB816135.1|CB816135
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|5915417|gb|AW053058.1|AW053058
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60345376|gb|DN212349.1|DN212349
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211041714|gb|FL025837.1|FL025837
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211406874|gb|FL447487.1|FL447487
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|71311933|gb|DR792459.1|DR792459
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|37394639|gb|CF634595.1|CF634595
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60357813|gb|DN224786.1|DN224786
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211041713|gb|FL025836.1|FL025836
EST:     ATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: ATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|29130370|gb|CB381074.1|CB381074
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211436246|gb|FL480992.1|FL480992
EST:     AAGGCGACTATTAACAT-STACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATAT-G                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60394900|gb|DN227769.1|DN227769
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60352160|gb|DN219133.1|DN219133
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|71439147|gb|DR820197.1|DR820197
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|19058687|gb|BM737354.1|BM737354
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|9566170|gb|BE475679.1|BE475679
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|31611990|gb|CD568612.1|CD568612
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60354480|gb|DN221453.1|DN221453
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|29544066|gb|CB604446.1|CB604446
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|28873880|gb|CB329810.1|CB329810
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60348516|gb|DN215489.1|DN215489
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|4646780|gb|AI621855.1|AI621855
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|4887399|gb|AI677498.1|AI677498
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60399439|gb|DN232251.1|DN232251
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211419805|gb|FL340213.1|FL340213
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACC-AAACT
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACT
EST: gi|93016887|gb|EB642407.1|EB642407
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|50323404|gb|CO518530.1|CO518530
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|67020255|gb|CO449004.1|CO449004
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60393984|gb|DN226854.1|DN226854
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|32165010|gb|CD670328.1|CD670328
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|101392068|gb|EB817961.1|EB817961
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|76281808|gb|DV021376.1|DV021376
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATC
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATC
EST: gi|33094604|gb|CF054598.1|CF054598
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTA
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTA
EST: gi|50323403|gb|CO518529.1|CO518529
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|5108253|gb|AI739966.1|AI739966
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|60348815|gb|DN215788.1|DN215788
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|9461696|gb|BE453859.1|BE453859
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|9255094|gb|BE345562.1|BE345562
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211528037|gb|FL311006.1|FL311006
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211007030|gb|FL327098.1|FL327098
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211055938|gb|FL348468.1|FL348468
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|28909548|gb|CB330985.1|CB330985
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211108757|gb|FL337429.1|FL337429
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTTGA-GAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTT-GAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATG
EST: gi|211397106|gb|FL357146.1|FL357146
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|28910315|gb|CB331377.1|CB331377
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|9731382|gb|BE510134.1|BE510134
EST:     AAGGCTACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211004257|gb|FL327092.1|FL327092
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|120480075|gb|EH210722.1|EH210722
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATTTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|31359055|gb|CD443412.1|CD443412
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|14203281|gb|BG836958.1|BG836958
EST:     AGGCTACTATTAANCATG-TACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AGGCGACTATTAA-CATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|101401382|gb|EB822368.1|EB822368
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|211430817|gb|FL361882.1|FL361882
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAARAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|78091998|gb|DV520372.1|DV520372
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|71757280|gb|DR955217.1|DR955217
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
EST: gi|28930957|gb|CB334318.1|CB334318
EST:     AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGG                         GTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG
genomic: AAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 8 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 207

ATCTTCAATGGTGTGTTCCTCAAAGTCAACAAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 939

ATCTTCAATGGTGTGTTCCTCAAAGTCAACAAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 222

ATCTTCAATGGTGTGTTCCTCAAAGTCAACAAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1050

ATCTTCAATGGTGTGTTCCTCAAAGTCAACAAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 141

ATCTTCAATGGTGTGTTCCTCAAAGTCAACAAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 651

ATCTTCAATGGTGTGTTCCTCAAAGTCAACAAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 113

ATCTTCAATGGTGTGTTCCTCAAAGTCAACAAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 450

ATCTTCAATGGTGTGTTCCTCAAAGTCAACAAGGCGACTATTAACATGCTACGCAGGGTTGAGCCATATGTTGCATATGGgtaagttttc ... tcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG
                              tactaaa  putative branch site (score: 450)
                                             tcttgttt  putative PPT
                             ttactaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
aaaaaacataaagcagacagtgcctggagtagttcctgcatcttagcttggtgactcatctgcttctgatgaccttactaaagtggcaaatcttgtttagGTACCCAAACTTGAAGAGTGTCAGGGAGTTGATCTACAAGAGGGGCTATGGAAAGCTGAACAAGCAGAGGATCCCTCTGTCCAACAACCAAGTCATCGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
aaaaaac
- - - - - - gcagaca
- - - - - - - - - - -gcctgga
- - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tggtgac