Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ataagcttgtgcaaaccccatctttatttgattagtctagaaaatgatgtttttctgttttagttgggagttatgtatgtaatgtcatttcctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G087105_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G087105_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os11g07970.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
----ataagcttgtgcaaaccccatctttatttgattagtctagaaaatgatgtttttctgttttagttgggagttatgtatgtaatgtcatttcctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG
      |   ||| | |    |      | |   |    | ||  | |     ||| |  | ||||      | |  |  || |  |  || || |      |||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| | || || ||
cacaggattattgcgtagggtcgtgtgctgtccaaacgttttatgataaagattttgttagctttaacccccaatgct-catttgtttccactttcca---cagTTATGCCGATCCAGAGGTTATAATTGGTTGTGAGGATGGTAGAGCATTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCAAGCATCTACCG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|148986029|gb|EE029876.2|EE029876
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|211348374|gb|FL045514.1|FL045514
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|148991227|gb|EE032692.2|EE032692
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|78085484|gb|DV513877.1|DV513877
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|211348372|gb|FL045512.1|FL045512
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|76021370|gb|DT948540.1|DT948540
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|76011998|gb|DT939168.1|DT939168
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|6021302|gb|AW066230.1|AW066230
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         CTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|71441001|gb|DR822051.1|DR822051
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGGTGTAATTGGGTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|74238280|gb|DT646194.1|DT646194
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|78107838|gb|DV526256.1|DV526256
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGT
EST: gi|50337804|gb|CO532930.1|CO532930
EST:     AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAG                         TTTTGCTGATCCGGAGGTTTGTA-TTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTG
genomic: AGCATATTTCAATCTGGTGGAGCCTCATTCAATCATGGGTTATGCATGAGgtgtggattc ... cctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTT-GTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gatgtttttctgttttagttgggagttatgtatgtaatgtcatttcctggtgtagTTTTGCTGATCCGGAGGTTGTAATTGGTTGTGAGGATGGTCGAGCCTTTGTATATGATATGTACAGCAGGAGTTGCTCACGTATTTATCG
                                       tcatttcct  CT-rich tract
            ttttagtt  TA-rich tract