1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttactaggatgagtaaaaatgaaaaatactttctataacgggtctggacaaatttcttttcaatgcttgcgattctcaatccctctatccctctatgcagTACGATTTTCACAGGATGGGTGCCCACTCTTCTCAGAGCTGGAAGAGGGATGACACTGTGGGACAAAGCCGGTGCTGTACCTGCAGAGAAGCTGGAGCTC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G086971_T05 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTCAGGAACTATGGACAAGGAAGGAGTCCTTCACCTGGTCTCCTTGAGAG TACGATTTTCACAGGATGGGTGCCCACTCTTCTCAGAGCTGGAAGAGGGATEST: gi|149096450|gb|EE182191.2|EE182191
genomic: TTCAGGAACTATGGACAAGGAAGGAGTCCTTCACCTGGTCTCCTTGAGAGgtatatatcc ... ctctatgcagTACGATTTTCACAGGATGGGTGCCCACTCTTCTCAGAGCTGGAAGAGGGAT
EST: TTCAGGAACTATGGACAAGGAAGGAGTCCTTCACCTGGTCTCCTTGAGAG TACGATTTTCACAGGATGGGTGCCCACTCTTCTCEST: gi|50324094|gb|CO519220.1|CO519220
genomic: TTCAGGAACTATGGACAAGGAAGGAGTCCTTCACCTGGTCTCCTTGAGAGgtatatatcc ... ctctatgcagTACGATTTTCACAGGATGGGTGCCCACTCTTCTC
EST: TTCAGGAACTATGGACAAGGAACGAGTCCTTCACCTGGTCTCCTTGAGAG TACGATTTTCACAGGATGGGTGCCCACTCTTCTCAGAGCTGGAAGAGGGAT
genomic: TTCAGGAACTATGGACAAGGAAGGAGTCCTTCACCTGGTCTCCTTGAGAGgtatatatcc ... ctctatgcagTACGATTTTCACAGGATGGGTGCCCACTCTTCTCAGAGCTGGAAGAGGGAT
ggacaaatttcttttcaatgcttgcgattctcaatccctctatccctctatgcagTACGATTTTCACAGGATGGGTGCCCACTCTTCTCAGAGCTGGAAGAGGGATGACACTGTGGGACAAAGCCGGTGCTGTACCTGCAGAGAAGCTGGAGCTC
ttctcaatccctctat CT-rich tract
aatttcttttcaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttactaggatgagtaaaaatgaaaaatactttctataacgggtctggacaaatttcttttcaatgcttgcgattctcaatccctctatccctctatgcagTACGATTTTCACAGGATGGGTGCCCACTCTTCTCAGAGCTGGAAGAGGGATGACACTGTGGGACAAAGCCGGTGCTGTACCTGCAGAGAAGCTGGAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT