Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacatacagaacactattttcttgatttcttcagagtttatggtaacttattaaccttcaagagcaatctttgatgatgaccccttttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCTATATGTGACTTTCTTAGCAGACTTCTTCCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G086497_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G086497_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os03g54920.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtacatacagaacactattttcttgatttcttcagagtttatggtaacttattaaccttcaagagcaatctttgatgatgaccccttttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCTATATGTGACTTTCTTAGCAGACTTCTTCCAG
     || | |  |    |||  |  | | ||||| ||  ||| ||| | |   || ||  |||||| | |||||  |  |    | ||| |  ||||| || |||||||| |  ||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||| |||||||||| ||||||
----gtaaacactagcccttttgtagtat-ttcagtgtg-atgctaattca---acatttgagagcattatttgagca-aatatttcttgttacagGTTGTACAATCTCACCAGTGTATGTTATCATTCTCTTTACCTTCCACTTCTCTATGTGACTTTCCTAGCAGACTTTTTCCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|149101731|gb|EE187868.2|EE187868
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATTTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|149004863|gb|EE039371.2|EE039371
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATTTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|40334535|gb|CK368605.1|CK368605
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|16919565|gb|BM074252.1|BM074252
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|211314374|gb|FL453743.1|FL453743
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCGTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTTCCCCTCC
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTT-CCCCTCC
EST: gi|32928610|gb|CF033422.1|CF033422
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|28982919|gb|BQ538440.2|BQ538440
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|113601941|gb|DW766559.1|DW766559
EST:     CTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: CTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|91051590|gb|EB162008.1|EB162008
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|6865283|gb|AW360633.1|AW360633
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|116814069|gb|EC856569.1|EC856569
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCGTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|37376236|gb|CF624626.1|CF624626
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|149077476|gb|EE166172.2|EE166172
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|20507678|gb|BQ279726.1|BQ279726
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|211021098|gb|FL442866.1|FL442866
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|211067046|gb|FL326742.1|FL326742
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|71310300|gb|DR791442.1|DR791442
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
EST: gi|71306891|gb|DR789602.1|DR789602
EST:     TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATG                         GTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT
genomic: TCACTGTTTGGATGTTTCCTTATTGCAAGTGGAGCTGGATTTGGTTTATGgtacatacag ... tttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggtaacttattaaccttcaagagcaatctttgatgatgaccccttttgctgtagGTTATATAATCTCACAACCGTATGCTATCATTCTCTTTACCTTCCCCTCCTATATGTGACTTTCTTAGCAGACTTCTTCCAG
                                        ccccttttgct  CT-rich tract
     acttattaa  TA-rich tract