Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atcccactgaaatcaaggaaatttcgggaatttccgaccgaaattatgaaccctgattccaactgctataatctggaaaatattctacatacgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G085474_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G085474_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g07830.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
--atcccactgaaatcaaggaaatttcgggaatttccgaccgaaat-tatgaa-ccctgattccaactgctataatctggaaaatattctacatacgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAA
     |    | ||| |   | |||||     ||        |||| |||||    ||  ||    ||  | ||   |   ||    | ||  || |  ||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||| | |||||||||||  ||||| || 
cttcactgtggtaattagacatatttctcagtttgaaatttaaaatatatgaggttcttgttttggcttatgtacagttttaa----tttatgtatgtttgcagAAAAGGATCTCGTTTTGGACATGACACTCTTGTTGATGGCATGCTTAAAGATGGCCTTTGGGATGTATACGGTGATTTTGCCATGGGAAATTGTGCTGAG

upper sequence: GRMZM2G085474_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv12s0057g01200.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
------atcccactgaaatcaaggaaatttcggg--aatttccgaccgaaattatgaaccctgattccaactgctataatctggaaaatattctacatacgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAA
      | |  ||||| |  |    || |       | ||  | |  |   ||  ||| |  || |   |||| |      |      |||| |  | |  | |||||||| || ||||| |||||||||||  | ||||||||||  ||||| |||||||| || |||||||| |||| |||    |  |||||  | ||||| |||
tacccaaccatactgacacgagtataactcataatcagttctcaattgc--ttcagaagcaagaattttactggtgcttattc-----tattgtcta-aaaattgcagGAAGGGATCTCGATTTGGACATGATTCTCTTGTTGATGGAATGCTGAAGGATGGGCTGTGGGATGTTTACAGTGATACAGGGATGGGTGTTTGTGCTGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78114650|gb|DV533038.1|DV533038
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|211388476|gb|FL095525.1|FL095525
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAACGCCC-AAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCNGTTTTG-ACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTAAAGG
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTC-GTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGG
EST: gi|149045418|gb|EE047840.2|EE047840
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACTTTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCGTTT
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTT
EST: gi|148965113|gb|EE015927.2|EE015927
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|31358163|gb|CD442520.1|CD442520
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAACGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|211391121|gb|FL095544.1|FL095544
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|211388481|gb|FL095530.1|FL095530
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGT-CATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGGCTCGTTTTTGACATGACACACT
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACT
EST: gi|149008746|gb|EE040943.2|EE040943
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|37421375|gb|CF648386.1|CF648386
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|211385847|gb|FL095517.1|FL095517
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|32863231|gb|CF002913.1|CF002913
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
EST: gi|149050402|gb|EE155650.2|EE155650
EST:     GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAG                         GAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA
genomic: GGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 257

TGTTCGCCGCACAGTCAATTCAGCTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCAGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 172

TGTTCGCCGCACAGTCAATTCAGCTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCAGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 123

TGTTCGCCGCACAGTCAATTCAGCTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCAGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAA


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 425

TGTTCGCCGCACAGTCAATTCAGCTGGGTATCAATGATATTGTTGTGGCAGGTGGCATGGAAAGCATGTCCAATGCCCCAAAGTACATTGCTGAAGCTAGgtatgcaaag ... acgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgaaccctgattccaactgctataatctggaaaatattctacatacgaatgcagGAAAGGGTCTCGTTTTGGACATGACACACTTGTTGATGCCATGCTTAAGGATGGACTTTGGGATGTATACAATGACTGTGCCATGGGAATGTGTGCCGAA
     ccctgat  putative branch site (score: 425)
                               aaaatattctacata  TA-rich tract