Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatcaacatgtagccatcgcctacacctacatgccaagacacggtggaatctagcatattttacttggcagttgataacatgacaaatttacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTCCGTCGCTTTGGATCTGTAAAGCACAGTGGTTTTGGGTTGGGTTTTGAA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G083836_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G083836_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g27520.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
ttatcaacatgtagccatcgcctacacctac-atgccaagacacggtggaatctagcatattttacttggcagttgataacatgacaaatttacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTCCGTCGCTTTGGATCTGTAAAGCACAGTGGTTTTGGGTTGGGTTTTGAA
 ||      | |   | || |||    ||   |  |  |       ||   ||    | || |   |   ||||  || ||||| ||| ||| |||  ||||||||  || || ||  |||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||
-tacgtgtttatgttcctcccctgattctgttaaacttatcagtcatgttttccgtaaaatgtatatactcagtcaatgacatggcaattttgcttcacagGATACAAGACGCCGGGTTGCCTTTGGAGCCATATGAATGGTACTTGGACCTCCGCCGCTTTGGATCTGTCAAGCACAGTGGTTTTGGTTTGGGTTTTGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211129628|gb|FL442090.1|FL442090
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|21626297|gb|BQ621218.1|BQ621218
EST:     CTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: CTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|33100320|gb|CF060280.1|CF060280
EST:     AAGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
EST: gi|8368904|gb|BE051849.1|BE051849
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|40334584|gb|CK368654.1|CK368654
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|31355350|gb|CD439707.1|CD439707
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGCCCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|4610072|gb|AI600911.1|AI600911
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|32843846|gb|CD983527.1|CD983527
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGCTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTA
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTA
EST: gi|32935917|gb|CF040729.1|CF040729
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|19351358|gb|BM895890.1|BM895890
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|61119073|gb|DN560034.1|DN560034
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|17929648|gb|BM266608.1|BM266608
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|78026378|gb|DV494765.1|DV494765
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|148938651|gb|EC882983.2|EC882983
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|32929972|gb|CF034784.1|CF034784
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGACCGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
EST: gi|213171245|gb|FM192549.1|FM192549
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|32933328|gb|CF038140.1|CF038140
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
EST: gi|148983060|gb|EE028970.2|EE028970
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|5343238|gb|AI795423.1|AI795423
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|149095952|gb|EE181618.2|EE181618
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|78544242|gb|DV621740.1|DV621740
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|7227809|gb|AW566450.1|AW566450
EST:     AAGCCAAAGGGAGGATCGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: AAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|5108415|gb|AI740128.1|AI740128
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|19769665|gb|BQ034386.1|BQ034386
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCCAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|33100053|gb|CF060013.1|CF060013
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTAC
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTAC
EST: gi|15209114|gb|BI430998.1|BI430998
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|5608055|gb|AI901722.1|AI901722
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|148995953|gb|EE035199.2|EE035199
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|33099622|gb|CF059582.1|CF059582
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGT
EST: gi|148958201|gb|EC904407.2|EC904407
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTTTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|19272530|gb|BM888786.1|BM888786
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|6653859|gb|AW267264.1|AW267264
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|32857324|gb|CD997005.1|CD997005
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|60340066|gb|DN207039.1|DN207039
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|83279166|gb|DV943174.1|DV943174
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|6403398|gb|AW171873.1|AW171873
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|15082868|gb|BI389552.1|BI389552
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|44901355|gb|CK827900.1|CK827900
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
EST: gi|5804583|gb|AI979553.1|AI979553
EST:     TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAG                         GATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT
genomic: TTGATTGGTGGAAGCCAAAGGGAGGAACGGTTAGATGTTCTGAAACAGAGgtatgtgcta ... tacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tggaatctagcatattttacttggcagttgataacatgacaaatttacttggcagGATACTTGATGCTGGCCTGCCTTTGGAACCCTATGAATGGTACTTGGACCTCCGTCGCTTTGGATCTGTAAAGCACAGTGGTTTTGGGTTGGGTTTTGAA
                            tgataac  putative branch site (score: 2)
                                           tttactt  putative PPT
           atattttactt  TA-rich tract