1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' | 13 5' 3' |
...ccgctttaaaaaccatggtcaagcttgaaatatctcatcaccacttgatggctgtcccctttaattctttacaatattttgtatacaaatgtaaatacagCCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTATTGGTGGCATGATATTGGATAGTGCCTTCACTAACCTGTATGACTTGATGATGGAACTTGTTGACGTTTAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G081642_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAAGTTTCCACTATAGGCCTTTGGGGGCGATCAATGGGTGCCGNTACATG CCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTATTGEST: gi|148941968|gb|EC886955.2|EC886955
genomic: CAAGTTTCCACTATAGGCCTTTGGGGGCGATCAATGGGTGCCGTTACATGgtaattggta ... gtaaatacagCCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTATTG
EST: CAAGTTTCCACTATAGGGCTTTGGGGGCGATCAATGGGTGCCGTTACATG CCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTAEST: gi|149069709|gb|EE158095.2|EE158095
genomic: CAAGTTTCCACTATAGGCCTTTGGGGGCGATCAATGGGTGCCGTTACATGgtaattggta ... gtaaatacagCCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTA
EST: CAAGTTTCCACTATAGGCCTTTGGGGGCGATCAATGGGTGCCGTTACATG CCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTATTGGTGGCATGATATTGGGATAEST: gi|213187018|gb|FM194143.1|FM194143
genomic: CAAGTTTCCACTATAGGCCTTTGGGGGCGATCAATGGGTGCCGTTACATGgtaattggta ... gtaaatacagCCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTATTGGTGGCATGATATTGG-ATA
EST: CAAGTTTCCACTANNNGCCTTTGGGGGCGATCAATGGGTGCCGTTACATG CCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTATTGGTGGCATGANNNNGGATAG
genomic: CAAGTTTCCACTATAGGCCTTTGGGGGCGATCAATGGGTGCCGTTACATGgtaattggta ... gtaaatacagCCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTATTGGTGGCATGATATTGGATAG
tgatggctgtcccctttaattctttacaatattttgtatacaaatgtaaatacagCCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTATTGGTGGCATGATATTGGATAGTGCCTTCACTAACCTGTATGACTTGATGATGGAACTTGTTGACGTTTAC
ctttaat putative branch site (score: 4)
tttaattctttacaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ccgctttaaaaaccatggtcaagcttgaaatatctcatcaccacttgatggctgtcccctttaattctttacaatattttgtatacaaatgtaaatacagCCTACTCTATGGAGCAGAGGACCCTTCTATTGGTGGCATGATATTGGATAGTGCCTTCACTAACCTGTATGACTTGATGATGGAACTTGTTGACGTTTAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA