Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatgctcatcatttatgatgtttctgttatcatttttctttcatgctttatgaacctttttgtccctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G079256_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G079256_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g10600.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtaatgctcatcatttatgatgtttctgttatcatttttctttcatgctttatgaacctttttgtccctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
|||||| |||||||||    | ||  ||| | |    | || |  ||  || |||| |  |    | ||| || ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||
gtaatgttcatcattttcttttttcatgtcaac----tcctgttctgtattctgaatcggtc---ctctggtgtagGTTAAAGCAAACAAAAGGTATGCTGGATCTTCAAACTGGACTGTTAAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60345537|gb|DN212510.1|DN212510
EST:     TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
genomic: TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
EST: gi|31356068|gb|CD440425.1|CD440425
EST:     TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
genomic: TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
EST: gi|32907240|gb|CF012053.1|CF012053
EST:     ATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCCTGA-GAT                         GTTAAAGCACACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAA
genomic: ATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCC-TGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
EST: gi|78076466|gb|DV504900.1|DV504900
EST:     TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
genomic: TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
EST: gi|32908286|gb|CF013099.1|CF013099
EST:     TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
genomic: TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
EST: gi|67011703|gb|CO440452.1|CO440452
EST:     TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
genomic: TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
EST: gi|87156317|gb|DY401106.1|DY401106
EST:     TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
genomic: TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
EST: gi|32911684|gb|CF016496.1|CF016496
EST:     TATATCCACTGTACGCAGGTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGAT                         GCTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGNAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
genomic: TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGG-AGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
EST: gi|71332949|gb|DR803501.1|DR803501
EST:     TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
genomic: TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
EST: gi|211314447|gb|FL116841.1|FL116841
EST:     ATCCACTGGGACGCAGTTTATGACACCCCCTGAAGAATGTCCCTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACNAAAAGAAATGCTGGGAGCTTCAAACTGGACCTGGTTAA
genomic: ATCCACTGG-ACGCAGTTTATGACACCCC-TGAGGA-TGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAAC-AAAAGATATGCTGG-AGCTTCAAACTGGAC-TG-TTAA
EST: gi|22819573|gb|BU499663.1|BU499663
EST:     TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
genomic: TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
EST: gi|211312415|gb|FL116823.1|FL116823
EST:     TATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCCTGAAGATGTTCCNTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGA-TGTTTAAA
genomic: TATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCC-TGAGGATGTTCC-TGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTT-AAG
EST: gi|26559923|gb|CA832158.1|CA832158
EST:     TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGAT                         GTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGC
genomic: TATATCCACTGGACGCAGTTTATGACACCCCTGAGGATGTTCCTGAAGATgtaatgctca ... cctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtttctgttatcatttttctttcatgctttatgaacctttttgtccctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG
                                   cctttttgtccctgtt  CT-rich tract
       ttatcatttttcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaatgctcatcatttatgatgtttctgttatcatttttctttcatgctttatgaacctttttgtccctgttgcagGTTAAAGCAAACAAAAGATATGCTGGAGCTTCAAACTGGACTGTTAAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGCTT