Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atgccttttcttagggaaggacctttatttttctgcatgtctgtatgtctttatatgtcaacatatttttttcgttttgcactgaccaacttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G075719_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G075719_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os07g31370.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
--------------------------------------------------------------------------atgccttttcttaggg-----aaggacctttatttttctgc---------atgtctgtatgtctttatatgtca-acatatttttttcgttttg-cactgaccaacttg-tgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG
                                                                             | |||||  |  |     ||     ||  ||| | ||          |  |||| || | |||||  || | |      |  || ||| || || |      | || ||| |||||| |||||||||| ||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||| |
gtgtgcttaggaaaatataaatttcttgcatatcctttgtattacatcaggagattagcacgcgtgtagatctggcacattttcagaaagttcaaaatcgtgttcttttatttgggagatgctgaaatctgaat-tatttatgggttacatggggataatttgttctgacattttttctcatgctgatcagGCGTTGTTCCGTAAGATTGCGGCTGCACTTCCTGGAATGGAGACCCTCTCATCAGCAAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAAGTCAAGCAACG

upper sequence: GRMZM2G075719_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA11G04330.1 (Glycine max), 3'ss of exon 5
atgccttttcttagggaagg--acctttatttttctgcatgtctgtatgtctttatatgtcaacatatttttttcgttttgcactgaccaacttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG
 | ||| |  || | | | |  ||    ||  || |  |||  | ||  | ||| | |  |  |  | ||     || ||    |  ||||| | ||  ||||| || || || ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| || || || || || ||||||||||||||||| ||||| | ||||   ||||
-tccctctctttcgtggaagtaactgagatccttatatatggttcta-atatttctcttgcttctaacttaccatgtattttgttatccaacatttgtacagGCCCTATTTCGAAAAATTGCTGCAGCACTACCTGGAATGGAAACACTATCTTCTGCAAAACAAGAAGACATGGTTGATGTAAACTTAAAGTCTACAAATG

upper sequence: GRMZM2G075719_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv02s0012g00710.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 5
atgccttttcttagggaaggaccttta--tt--tttctgcatgtctgtatgtctttatatgtc---aacatatttttttcgttttgcactgaccaacttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG
 |    | |||      |   ||| ||  ||  ||  || |||       |  | ||  | ||   | |||    || |    || ||   |||   || ||  ||||| ||||| || |||||||| || ||  | || || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||  ||| |||    | ||
gtagtctctctccccagacatcctatagattaattattggatgctcactaggttgtaattatcttgatcatggaattctttggttacatgaacct-tttttgtacagGCACTGTTTCGGAAAATTGCAGCAGCTTTACCAGGAATGGAAACACTTTCTTCAGCAAAGCAAGAAGACATGGTTGATGTGAATCTGAAGTCGTCAAGTG

upper sequence: GRMZM2G075719_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv02s0012g00790.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
--atgccttttcttagggaaggacctttatt--tttctgcatgtctgtatgtctttatatgtcaacatatttttttcgttttgc--actgaccaacttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG---
  |  |  ||||    |  |     |  |||  ||  || |||       |  | ||  ||||   ||  |    |  ||| |   | ||| |   ||     ||||| ||||| |  |||||||| |||    | || || ||||| ||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| | | ||||  ||      
gtaatctctttccccagacatcctttagattaattcttggatgctcactaggttgtaactgtcttgatcatggaattctttggttaaatgaacctttttcatacagGCACTGTTTCAGAAAATTGCAGCT---TTACCAGGAATGGAAACACTTTCTTCAGCCAAGCAAGAAGACATGGTTGATGTGAACCTAAAGTCTCCCAGCCTCA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213170645|gb|FM184057.1|FM184057
EST:     TGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|211458655|gb|FL157796.1|FL157796
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|32836609|gb|CD976287.1|CD976287
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|87155722|gb|DY400511.1|DY400511
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|111990689|gb|EE332131.1|EE332131
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|31612410|gb|CD569032.1|CD569032
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|16916858|gb|BM073016.1|BM073016
EST:     TGGTGTCATG-TTATTGAACCCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|211109341|gb|FL282964.1|FL282964
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|22545767|gb|BU098141.1|BU098141
EST:     CTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: CTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|32936692|gb|CF041511.1|CF041511
EST:     GGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: GGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|32840351|gb|CD980032.1|CD980032
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|60401620|gb|DN234427.1|DN234427
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|14645991|gb|BI180180.1|BI180180
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|32839843|gb|CD979524.1|CD979524
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|32839842|gb|CD979523.1|CD979523
EST:     GTTTATTGAAGGCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: GTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|15590244|gb|BI674860.1|BI674860
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|60354086|gb|DN221059.1|DN221059
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
EST: gi|30088223|gb|CB886428.1|CB886428
EST:     TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAG                         GCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA
genomic: TTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 79

GCAAGTCTCGATAGAGGAAGGAGAAGGCAAGGCAAAGGACCTTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 189

GCAAGTCTCGATAGAGGAAGGAGAAGGCAAGGCAAAGGACCTTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 172

GCAAGTCTCGATAGAGGAAGGAGAAGGCAAGGCAAAGGACCTTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 137

GCAAGTCTCGATAGAGGAAGGAGAAGGCAAGGCAAAGGACCTTGGTGTCATGTTTATTGAAACCAGTGCTAAAGCTGGGTTTAACATTAAGgtatgcttca ... ttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtctttatatgtcaacatatttttttcgttttgcactgaccaacttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG
                                  cactgac  putative branch site (score: 137)
     ttatatgtcaacatat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atgccttttcttagggaaggacctttatttttctgcatgtctgtatgtctttatatgtcaacatatttttttcgttttgcactgaccaacttgtgagcagGCGCTGTTCCGTAAAATTGCTGCTGCCCTTCCTGGTATGGAGACACTCTCATCAGCGAAGCAGGAAGACATGGTTGATGTGAACTTGAGGTCTGGCAATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA