Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgagtgggattctgttactcctgtttatttgattgtttgattttatctcattgtgttttcctgctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAGTGATGCAAAACAAATGCTTATGTTCAGTTCTGACCAAGATCTGCACGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G073077_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5055559|gb|AI734446.1|AI734446
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|19058306|gb|BM736973.1|BM736973
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTCCTTCATGGCCCTTCTCGCCAAGCCAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|211193238|gb|FL445829.1|FL445829
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|56382240|gb|CV984909.1|CV984909
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|76013187|gb|DT940357.1|DT940357
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|32837884|gb|CD977562.1|CD977562
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|12970972|gb|BG267250.1|BG267250
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|50327367|gb|CO522493.1|CO522493
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|211123288|gb|FL412657.1|FL412657
EST:     AGCGCTCGGCAGGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|78027317|gb|DV495704.1|DV495704
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|23357704|gb|BU645353.1|BU645353
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|18654920|gb|BM499725.1|BM499725
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|71442771|gb|DR823821.1|DR823821
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|76013186|gb|DT940356.1|DT940356
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|19769759|gb|BQ034480.1|BQ034480
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|32839334|gb|CD979015.1|CD979015
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|71428537|gb|DR809587.1|DR809587
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|8930284|gb|BE225048.1|BE225048
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|110210675|gb|EC892572.1|EC892572
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|28982970|gb|BQ538420.2|BQ538420
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|17931684|gb|BM268644.1|BM268644
EST:     GCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: GCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|60353681|gb|DN220654.1|DN220654
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|16920046|gb|BM074472.1|BM074472
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|21331201|gb|BQ486582.1|BQ486582
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|19822102|gb|BQ048126.1|BQ048126
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|60343651|gb|DN210624.1|DN210624
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|32827415|gb|CD967093.1|CD967093
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|211365708|gb|FL031157.1|FL031157
EST:     TCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: TCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|32838331|gb|CD978009.1|CD978009
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|32857529|gb|CD997210.1|CD997210
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|60396436|gb|DN229305.1|DN229305
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|19057828|gb|BM736495.1|BM736495
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|32839364|gb|CD979045.1|CD979045
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|74240003|gb|DT647917.1|DT647917
EST:     GCGCTCGGCAAGCCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|60358231|gb|DN225204.1|DN225204
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|22490601|gb|BU050524.1|BU050524
EST:     TCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: TCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|5006235|gb|AI712297.1|AI712297
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|56382239|gb|CV984908.1|CV984908
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|32838398|gb|CD978076.1|CD978076
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|87152277|gb|DY397066.1|DY397066
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|211144477|gb|FL393223.1|FL393223
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|21088919|gb|BQ401232.1|BQ401232
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|6827668|gb|AW331311.1|AW331311
EST:     CCCCATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|71331372|gb|DR802521.1|DR802521
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA
EST: gi|19769355|gb|BQ034076.1|BQ034076
EST:     CCACATGAGACCTATGTTTGCTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG                         AGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAG
EST: gi|148947219|gb|EC892573.2|EC892573
EST:     AGCGCTCGGCAAGCTGTGCCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAG        
genomic: CCACATGAGACCTATGTTTACTTCATGGACCTTCTCGCCAAGACAGTTAGgtgagtggga ... gctctcacagA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctcctgtttatttgattgtttgattttatctcattgtgttttcctgctctcacagAGATGAGATCGCTGGGTGCAGCGAAAAGGGGTATGATTCCCTATCTGTAAGTGATGCAAAACAAATGCTTATGTTCAGTTCTGACCAAGATCTGCACGAG
                 gtttgat  putative branch site (score: 5)
                                    tgttttcctgctctc  putative PPT
      tttatttgattgtttg  TA-rich tract