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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtattaattcaattttttgaaagagtatttttattcttatattgatttgtattgttccagcacaaattattataattgtagtgctttggttttgatgtggtaattgttttttctattttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAGCCTGCTCCACCTCAAGTGGCAGCAGTTCCACCACCAGCTCCACCTGATG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G069916_T05
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G069916_T04 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g62640.4 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtattaattcaattttttgaaagagtatttttattcttatattgatttgtattgttccagcacaaattattataattgtagtgctttggttttgatgtggtaattgttttttctattttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAGCCTGCTC---CACCTCAAGTGGCAGCAGTTCCACCACCAGCTCCACCTGATG
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gtattattttgaaagcttgaatatatgtgctctcgattctcatagtttgtgt-ataccagcacatgtaacta--atagtaaa--taaagttttaatcctactggcatttttctt-ctttgttgcagGCTACCCTTCTGCTTGATGCCTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTACCTCAGCCTACTCCAACACCTCAAATGGCATCAGTACCAGCACCTGCTCCCCCTG---
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67033512|gb|CO462261.1|CO462261
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTACATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|71330193|gb|DR801854.1|DR801854
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|26559091|gb|CA831326.1|CA831326
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAAGGACAGAGCTTCATTAACTCA
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAA-GGACAGAGCTTCATTAACTCA
EST: gi|22542142|gb|BU092580.1|BU092580
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGCGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|76920400|gb|DV168155.1|DV168155
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GTTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|149014011|gb|EE043527.2|EE043527
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|211142601|gb|FL018647.1|FL018647
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|88756297|gb|DY540438.1|DY540438
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|148952947|gb|EE152420.2|EE152420
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|87157671|gb|DY402460.1|DY402460
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|148932069|gb|EC875423.2|EC875423
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|71312972|gb|DR793008.1|DR793008
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|149000973|gb|EE038213.2|EE038213
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
EST: gi|88756334|gb|DY540475.1|DY540475
EST:     AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTATCAGAGCTGATATGCTG                         GCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAGCAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG
genomic: AGGCCCAGGAAGTAGTGGAAGAGCTAAGAGCTAAAAGAGCTGATATGCAGgtattaattc ... tttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ataattgtagtgctttggttttgatgtggtaattgttttttctattttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAGCCTGCTCCACCTCAAGTGGCAGCAGTTCCACCACCAGCTCCACCTGATG
                  ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                ttgttttttctatttt  putative PPT
                             taattgttttttctat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtattaattcaattttttgaaagagtatttttattcttatattgatttgtattgttccagcacaaattattataattgtagtgctttggttttgatgtggtaattgttttttctattttcctgcagGCTACCCTCTTGCTTGATGCTTTTAACAAGGACAGAGCTTCATTAACTCAGCCTGCTCCACCTCAAGTGGCAGCAGTTCCACCACCAGCTCCACCTGATG

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