1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtaagtggcgacatcacatcccctacaagtttgctaatgtgaatatgtgatagctctttcaggtttgaaagctaggaatatgttaggcaaacttattttcttttaattgttatgtttatctattgaaacctttgcaagaaacaagcctcttatacagctcttcagataactgagcagttcctttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAACTGATCAAGCTATTGCACGATCTAAGCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G065105_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGGCA-TCAACTAATGGATGAAEST: gi|60340573|gb|DN207546.1|DN207546
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGG-CAATCAACTAATGGATGAA
EST: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAAEST: gi|89246761|gb|DY618548.1|DY618548
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
EST: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAAEST: gi|211357112|gb|FL231558.1|FL231558
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
EST: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGEST: gi|74237187|gb|DT645101.1|DT645101
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATG
EST: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAAEST: gi|211357114|gb|FL231560.1|FL231560
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
EST: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAEST: gi|71761831|gb|DR959768.1|DR959768
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTA
EST: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAAEST: gi|60394000|gb|DN226870.1|DN226870
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
EST: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAAEST: gi|14243604|gb|BG841264.2|BG841264
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
EST: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAA ATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
genomic: GCCAAGTGCTGAAGATGGCTTTGGTGAAGAAAATGTCCTGTTAGCATCAAgtaagtggcg ... tttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAA
agaaacaagcctcttatacagctcttcagataactgagcagttcctttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAACTGATCAAGCTATTGCACGATCTAAGCAG
agataac putative branch site (score: 3)
cagttcctttttctt putative PPT
tttttctta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagtggcgacatcacatcccctacaagtttgctaatgtgaatatgtgatagctctttcaggtttgaaagctaggaatatgttaggcaaacttattttcttttaattgttatgtttatctattgaaacctttgcaagaaacaagcctcttatacagctcttcagataactgagcagttcctttttcttagATATGACAAACCAGCAGTTAATGGATCAAGGCAATCAACTAATGGATGAAACTGATCAAGCTATTGCACGATCTAAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT