Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G063851_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os02g10070.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctcca-gGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG
||||| |   ||   |||  ||| | ||||||| ||||           |  | | || | | |  ||     ||| || | |||| ||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  | ||||| || || |||
gtatgct---tttggtattgattatttatggattgtttctcaagg---gtgtcctttattgattggtct----aaaatcttaaatggtgtttatccaagGTCCTTGGTGGGATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGATGAG

upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os11g33240.3 (Oryza sativa), 3'ss of exon 4
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgct------tttatagcatatact-aacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG
|||||||   |    |||| ||| | ||||||||  | | |||||      |||  ||  | | || || | ||   |  ||| || |||||  |||| |||||||||||||| || |||||||| |||| |||||||||||||||||||||  | ||||| || ||||||
gtatgat---tctgctatcgattatttatggataaatctattgctattgctttttaagggtgtccttaattgattgggctaaagtcttgaattgtgtttctccagGTCCTTGGCGGGATGAGAGGAATGATTGGAATGCTTTGGGAAACATCATTGCTTGACCCGGAGGAG

upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT3G60100.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 4
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG
||| |  ||  |  | || | ||||   |  | |      ||   |||  | ||||  |  |  |||      |  ||      || | ||  |  |||| ||||||||||||||||||||||||||| | || |||||||| ||  | |||||| |||| |||
gtacgg-attctaatgat-atttgtgattacacaaaggctttatcttttaaacatactcgtatatat------agttttacatgtggtatttgtgaagGTACTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGATTACTCTGGGAAACCTCATTGCTTGATGCAGATGAG

upper sequence: GRMZM2G063851_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: AT2G44350.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 5
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG
|||  |   ||      |     || | ||| | ||||   || ||||  | | |  | |  | || |     | | |||    |||  |      ||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||  | ||||| || || |||
gtagaaacaatcatgattttcacgtttttggtttgtttatatgatttt-caccttccattg-cataactcatcataatcccctttgaaataa----agGTTATTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGATTGCTTTGGGAAACCTCATTGCTTGACCCGGAAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211505526|gb|FL228165.1|FL228165
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATTACTGGAATGC
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGC
EST: gi|211507876|gb|FL228171.1|FL228171
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507874|gb|FL228169.1|FL228169
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTKGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211059244|gb|FL131321.1|FL131321
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|148932412|gb|EC876097.2|EC876097
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGA
EST: gi|211507879|gb|FL228174.1|FL228174
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGA
EST: gi|93284646|gb|EB676910.1|EB676910
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTTGGAAACATCCCCT
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCC-T
EST: gi|211510249|gb|FL228196.1|FL228196
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|148974563|gb|EE025351.2|EE025351
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211510246|gb|FL228193.1|FL228193
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507880|gb|FL228175.1|FL228175
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507878|gb|FL228173.1|FL228173
EST:     CAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTCGTGGAATGAGGGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: CAAGTCAGAGCATGGAAAGACCC-AGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211510237|gb|FL228184.1|FL228184
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507873|gb|FL228168.1|FL228168
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507884|gb|FL228179.1|FL228179
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211507875|gb|FL228170.1|FL228170
EST:     TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTNGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
EST: gi|211505527|gb|FL228166.1|FL228166
EST:     TCAAGTCTGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATG                         GTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA
genomic: TCAAGTCAGAGCATGGAAAGACCCAGCTTGGAAACATAACTGTGGATATGgtatgatata ... gttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG
             tactaac  putative branch site (score: 0)
                                            tgttcctcc  putative PPT
          atatactaacttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgatatattgcttatcaattgtctatggatagttttgttgcttttatagcatatactaacttatcctgggaaattcctgaatgatgttcctccagGTCCTTGGTGGAATGAGAGGGATGACTGGAATGCTTTGGGAAACATCCCTACTTGATCCAGAGGAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG