Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...attagtcctctggctgtcacactctcagactgatcaactgctctagttgcatcagcttcagttatttgtcactgacatttttatggtttatgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G061928_T03
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G061928_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os04g59040.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
attagtcctctggctgtcacactctcagactgatca----actgctctagt-tgcatcagcttcagttatttgtcactgacatttttatggtttatgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG
  ||||  | | | ||   |||    | ||   ||       | ||  ||| || |  |  ||  |  |||      ||  | | |  |  ||||   |    ||||||||||| |||||||||| ||||| || || |||||||| ||||||||||||||||||||||||
--tagttttttagttg---cacctcaaaaccattctcttttttactacagtgtggaatatattgtgccattatctcgtggtaatgtgttcttttaatccacacagGAGCCTGTTATTCCTGGTTCCTTCCTCCGTGCTAGAGCAATTGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG

upper sequence: GRMZM2G061928_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA19G45050.1 (Glycine max), 3'ss of exon 4
-----------------------------------------------------------attagtcctctggc---tgtcacactctcagactgatcaactgctcta----gttgcatcagcttcagttatttgtcactgacatttttatggtttatgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG
                                                           | || ||    | |   ||| | | | |   | || |  | || | ||    |||| ||   |      |||||      ||  ||||| |   || | |    |||||||| ||| ||||||| |  |||||||||||||| || || || || |||||||||||||||  |
gtaaattagtaccattttcaaattcatatattttacaagaagcattaaatcctgtttataatattctatagacatgtgtaaaattgtgtaaatg-tagaatgttttaaattgttgaatagacaatgactatttaattaagaattttttctacattgt-tatgatagGAGCCAGTTCTTCCTGGATGTTTCCTGCGAGCAAGGGCCATTGGACTGATGCCCATGATTGACGGG

upper sequence: GRMZM2G061928_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S46_53V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 6
-attagtcctctggctgtcacactctcagactgatcaactgctctagttgcatcagcttcagttatttgt--cactgacatttttatggtttatgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG
   ||      ||   |       || ||  ||  | | ||   |  |||||     |  |  |  |||    ||| | |     || | ||    | || |||| |||||| | |||||| ||||| | ||||||||||| || || ||||||||||||||||| || 
gtctatggaaatgaaagctctctactgaggatgcactaatgagatctttgcagtgtgtctaaatggttgaggtactcatacaagaatagcttg---cttgcagGAACCTGTTTTGCCTGGTACGTTCGTTCGAGCAAGAGCTATTGGGCTTATGCCCATGATTGATCAA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211148121|gb|FK994989.1|FK994989
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|5770204|gb|AI973378.1|AI973378
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145266|gb|FK994966.1|FK994966
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTT
EST: gi|74237956|gb|DT645870.1|DT645870
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|24768592|gb|CA403721.1|CA403721
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|31909409|gb|CD650904.1|CD650904
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211328726|gb|FL322907.1|FL322907
EST:     TTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAS                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: TTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148123|gb|FK994991.1|FK994991
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GATCCTGYTGTTCCTGGTTCGTTCCTVCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTAT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTAT
EST: gi|211149572|gb|FK995003.1|FK995003
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTTCCTGCGAGCAAGAGCAATC
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT-CCTGCGAGCAAGAGCAATC
EST: gi|211143831|gb|FK994953.1|FK994953
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|5847103|gb|AW000182.1|AW000182
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|5847111|gb|AW000190.1|AW000190
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|78104561|gb|DV522979.1|DV522979
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146694|gb|FK994976.1|FK994976
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTT
EST: gi|211149573|gb|FK995004.1|FK995004
EST:     GACTCTTTGTCGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATC
genomic: GACTCTTTGT-GAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATC
EST: gi|60347915|gb|DN214888.1|DN214888
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146692|gb|FK994974.1|FK994974
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145267|gb|FK994967.1|FK994967
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211091461|gb|FK999164.1|FK999164
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|5006060|gb|AI712122.1|AI712122
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60349652|gb|DN216625.1|DN216625
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|67012300|gb|CO441049.1|CO441049
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211402007|gb|FL112901.1|FL112901
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|7118905|gb|AW497510.1|AW497510
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|67017766|gb|CO446515.1|CO446515
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|5901415|gb|AW042515.1|AW042515
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60339231|gb|DN206204.1|DN206204
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211149575|gb|FK995006.1|FK995006
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCT
EST: gi|211145265|gb|FK994965.1|FK994965
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145262|gb|FK994962.1|FK994962
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGT
EST: gi|211148126|gb|FK994994.1|FK994994
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGNCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145258|gb|FK994958.1|FK994958
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGT
EST: gi|37379431|gb|CF626460.1|CF626460
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|28930839|gb|CB334200.1|CB334200
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211098874|gb|FK999203.1|FK999203
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|76012232|gb|DT939402.1|DT939402
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145260|gb|FK994960.1|FK994960
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
EST: gi|211146695|gb|FK994977.1|FK994977
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60348025|gb|DN214998.1|DN214998
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145263|gb|FK994963.1|FK994963
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60344717|gb|DN211690.1|DN211690
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|28873765|gb|CB329709.1|CB329709
EST:     AATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GACCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: AATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211091460|gb|FK999163.1|FK999163
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146701|gb|FK994983.1|FK994983
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGSCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211149576|gb|FK995007.1|FK995007
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60343029|gb|DN210002.1|DN210002
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146698|gb|FK994980.1|FK994980
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
EST: gi|71759727|gb|DR957664.1|DR957664
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60396650|gb|DN229518.1|DN229518
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145259|gb|FK994959.1|FK994959
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|67012010|gb|CO440759.1|CO440759
EST:     GACTCTTTGCTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GACTCTTTG-TGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211143833|gb|FK994955.1|FK994955
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCSTGTTGTTCCTGGTTCGTTTCTGCGAGCAAGAGCAATCGG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGG
EST: gi|211093927|gb|FK999180.1|FK999180
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211270190|gb|FL112873.1|FL112873
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|32909251|gb|CF014063.1|CF014063
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211143830|gb|FK994952.1|FK994952
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GATCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|24764070|gb|CA399239.1|CA399239
EST:     GGACTCTTTGT-AAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148120|gb|FK994988.1|FK994988
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCAGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148131|gb|FK994999.1|FK994999
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAS                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAG
EST: gi|211149574|gb|FK995005.1|FK995005
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211145269|gb|FK994969.1|FK994969
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGG
EST: gi|60398608|gb|DN231424.1|DN231424
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|18177630|gb|BM378840.1|BM378840
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|67014869|gb|CO443618.1|CO443618
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211143828|gb|FK994950.1|FK994950
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GATCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGC
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGC
EST: gi|76285558|gb|DV025126.1|DV025126
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|5757339|gb|AI964626.1|AI964626
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|5296191|gb|AI782871.1|AI782871
EST:     GTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60399757|gb|DN232567.1|DN232567
EST:     GACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60339839|gb|DN206812.1|DN206812
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|31909407|gb|CD650903.1|CD650903
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60346798|gb|DN213771.1|DN213771
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|6012425|gb|AW061862.1|AW061862
EST:     GGACTCTTTGTGAAGCCAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148129|gb|FK994997.1|FK994997
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTYCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCTGAGC
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGC-GAGC
EST: gi|211270194|gb|FL112877.1|FL112877
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|76285559|gb|DV025127.1|DV025127
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|113701996|gb|EE679500.1|EE679500
EST:     CTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: CTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|78104562|gb|DV522980.1|DV522980
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|14243411|gb|BG841076.2|BG841076
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148119|gb|FK994987.1|FK994987
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCC
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCC
EST: gi|211145264|gb|FK994964.1|FK994964
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGT
EST: gi|60348523|gb|DN215496.1|DN215496
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|29129886|gb|CB380590.1|CB380590
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148122|gb|FK994990.1|FK994990
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTT
EST: gi|31356747|gb|CD441104.1|CD441104
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211148127|gb|FK994995.1|FK994995
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGT
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGT
EST: gi|32838675|gb|CD978353.1|CD978353
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146697|gb|FK994979.1|FK994979
EST:     GACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTG
genomic: GACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATG-CAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTG
EST: gi|211148128|gb|FK994996.1|FK994996
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60356641|gb|DN223614.1|DN223614
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|5325092|gb|AI783283.1|AI783283
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCATTGGATGTGTTGGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTATTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATTGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|37375185|gb|CF624015.1|CF624015
EST:     TGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTG-TGTTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTAT
genomic: TGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTG-TTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTAT
EST: gi|211143829|gb|FK994951.1|FK994951
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCAGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|60358335|gb|DN225308.1|DN225308
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
EST: gi|211146690|gb|FK994972.1|FK994972
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAA
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAA
EST: gi|211149578|gb|FK995009.1|FK995009
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAG
EST: gi|213191211|gb|FM191435.1|FM191435
EST:     GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAG                         GAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG
genomic: GGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 332

AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 363

AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 370

AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 350

AGTCCTGTACTCATCAGTTGTATACCCTCACAATTATGGTTTCGTTCCAAGGACTCTTTGTGAAGACAATGACCCAATGGATGTGTTAGTCCTGATGCAGgttagtcttc ... tgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgcatcagcttcagttatttgtcactgacatttttatggtttatgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG
                        cactgac  putative branch site (score: 350)
                               atttttatggtttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
attagtcctctggctgtcacactctcagactgatcaactgctctagttgcatcagcttcagttatttgtcactgacatttttatggtttatgtcctgtagGAGCCTGTTGTTCCTGGTTCGTTCCTGCGAGCAAGAGCAATCGGCCTTATGCCCATGATTGACCAG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGAGCA
- - - - - - gctgtca
- - - - - - - - - - - - - - - - - caactgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcatc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttcag