1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtaacaccacttgcctcttaaatttcctgtctgatgcgattcaacgtcctgtggagggttcctgttctttcttccgatgtcacttggactgaatataaccttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAGCTATTGTTGGTAGCGAGGAGCTTTCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G060564_T03 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAAEST: gi|149095487|gb|EE181140.2|EE181140
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|76284637|gb|DV024205.1|DV024205
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|71330287|gb|DR801905.1|DR801905
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|71768464|gb|DR966401.1|DR966401
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|211397637|gb|FL034037.1|FL034037
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTWACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|74245152|gb|DT653066.1|DT653066
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|149089290|gb|EE178503.2|EE178503
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|74234235|gb|DT642149.1|DT642149
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|71449020|gb|DR830070.1|DR830070
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|26456824|gb|CA828407.1|CA828407
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGCGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|71321160|gb|DR797280.1|DR797280
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|20512803|gb|BQ280001.1|BQ280001
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGCGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|148949975|gb|EC895492.2|EC895492
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|71315575|gb|DR794393.1|DR794393
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|211520833|gb|FL034040.1|FL034040
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGCGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|78107038|gb|DV525456.1|DV525456
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|50337111|gb|CO532237.1|CO532237
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|211397638|gb|FL034038.1|FL034038
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTNACATMCAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCEST: gi|71447386|gb|DR828436.1|DR828436
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTC
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|76014988|gb|DT942158.1|DT942158
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|71311330|gb|DR791989.1|DR791989
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|211520835|gb|FL034042.1|FL034042
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGEST: gi|101399172|gb|EB821460.1|EB821460
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATG
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|148937865|gb|EC882083.2|EC882083
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|76011810|gb|DT938980.1|DT938980
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|71312763|gb|DR792909.1|DR792909
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|148953515|gb|EE153023.2|EE153023
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|78078643|gb|DV507055.1|DV507055
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|211520839|gb|FL034046.1|FL034046
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: GCAAGATGAATTTRACATACAGACCACTCAGTGCGACAACTGGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTEST: gi|91048377|gb|EB158795.1|EB158795
genomic: GCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTG-CATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTT
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|148930645|gb|EC872835.2|EC872835
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAEST: gi|50336576|gb|CO531702.1|CO531702
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
EST: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATT GGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
genomic: TGCAAGATGAATTTAACATACAGACCACTCAGTGTGACAACTGCATCATTgtaacaccac ... ttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCA
gggttcctgttctttcttccgatgtcacttggactgaatataaccttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAGCTATTGTTGGTAGCGAGGAGCTTTCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATT
atataac putative branch site (score: 3)
ccttttat CT-rich tract
aatataaccttttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaacaccacttgcctcttaaatttcctgtctgatgcgattcaacgtcctgtggagggttcctgttctttcttccgatgtcacttggactgaatataaccttttatgcagGGCTTCATGTTATGCCTTCAACAAGTTGCTTGCATCTTCTCTATAGTTGCAGCTATTGTTGGTAGCGAGGAGCTTTCAGAGGCTTCCCAGATCCTTAATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT