Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ataataagtttatttgttaactgcaaatggtgcttatgtatatgttatttcccctattttctacatgagtttggttgtcttacctacttaaatactgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATATGCCTTCCATGTTTCACAAAAAATACCTGAGAAGACAGTTGAAAATATGA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G058584_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G058584_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g13190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
ataataagtttatttgttaactgca--aatggtgcttatgtatatgttatttcccctattttctacatgagttt-ggttgtcttaccta-----cttaaatactgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATATGCCTTCCATGTTTCACAAAAAATACCTGAGAAGACAGTTGAAAATATGA
       ||| ||||||  ||||    |  || |  |  ||| |   | ||| |  || || ||  ||| ||||  |||| ||||| |      ||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||||  | ||||| ||||| ||||| |||||||
-------gttaatttgtacactggcgtaccgggggatgggta-accatgttttcattacttactggatgggtttcagttgccttacatgtgaatcttgaatcttgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTGGCATATGACAACATTTATGCCTTCCACGTTTCGCAAAAGTTGCCTGAAAAGACTGTTGAGAATATGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|89758985|gb|DY687956.1|DY687956
EST:     TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAG                         CTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
genomic: TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAGgtaattgtcc ... aatactgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
EST: gi|21760229|gb|BQ635770.1|BQ635770
EST:     TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAG                         CTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTCGATGTTGCATATGACAATATATAT
genomic: TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAGgtaattgtcc ... aatactgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
EST: gi|71774596|gb|DR972474.1|DR972474
EST:     TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAG                         CTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
genomic: TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAGgtaattgtcc ... aatactgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
EST: gi|76012899|gb|DT940069.1|DT940069
EST:     TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAG                         CTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
genomic: TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAGgtaattgtcc ... aatactgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
EST: gi|37422448|gb|CF648934.1|CF648934
EST:     TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAG                         CTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
genomic: TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAGgtaattgtcc ... aatactgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
EST: gi|211215840|gb|FL096753.1|FL096753
EST:     TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAG                         CTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
genomic: TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAGgtaattgtcc ... aatactgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
EST: gi|211320051|gb|FL096754.1|FL096754
EST:     TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAG                         CTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
genomic: TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAGgtaattgtcc ... aatactgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATAT
EST: gi|71428630|gb|DR809680.1|DR809680
EST:     TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTACCGATCTTCCAAATGCAGAG                         CTTGATCTAGCTG
genomic: TCATGCTTGATGATGTTGTCGTCTGTGTTAGCGATCTTCCAGATGCAGAGgtaattgtcc ... aatactgtagCTTGATCCAGCTG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatttcccctattttctacatgagtttggttgtcttacctacttaaatactgtagCTTGATCCAGCTGTGAAGGAAGCCTTTGATGTTGCATATGACAATATATATGCCTTCCATGTTTCACAAAAAATACCTGAGAAGACAGTTGAAAATATGA
                               gtcttac  putative branch site (score: 3)
                                       tacttaaata  TA-rich tract