1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtatgccaatcacttttttttcttaaaaagtttcttggtggaatatgattatccttctaatgcccatgctttgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G056572_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|6095655|gb|AW120322.1|AW120322
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: GGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|211036167|gb|FL457683.1|FL457683
genomic: GGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|76290021|gb|DV029589.1|DV029589
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|26558429|gb|CA830664.1|CA830664
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|76016318|gb|DT943488.1|DT943488
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|5296366|gb|AI783136.1|AI783136
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|149106821|gb|EE188718.2|EE188718
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|94472146|gb|EB701104.1|EB701104
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|67024109|gb|CO452858.1|CO452858
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCCCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|76288715|gb|DV028283.1|DV028283
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|211036166|gb|FL457682.1|FL457682
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|76016319|gb|DT943489.1|DT943489
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|60351289|gb|DN218262.1|DN218262
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|76917080|gb|DV166669.1|DV166669
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|101386844|gb|EB815439.1|EB815439
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|5901101|gb|AW042201.1|AW042201
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|74237808|gb|DT645722.1|DT645722
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|60359261|gb|DN226234.1|DN226234
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|5846990|gb|AW000069.1|AW000069
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|166414080|gb|EG170970.1|EG170970
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|71448387|gb|DR829437.1|DR829437
genomic: TGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|18660188|gb|BM500731.1|BM500731
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|61118718|gb|DN559679.1|DN559679
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|50323711|gb|CO518837.1|CO518837
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|76288714|gb|DV028282.1|DV028282
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|91051774|gb|EB162192.1|EB162192
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAAATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTEST: gi|149111016|gb|EE294515.2|EE294515
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGT
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|60340995|gb|DN207968.1|DN207968
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|60357297|gb|DN224270.1|DN224270
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|60354881|gb|DN221854.1|DN221854
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|60338245|gb|DN205218.1|DN205218
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|60394530|gb|DN227400.1|DN227400
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|22133680|gb|BQ833845.1|BQ833845
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|87156931|gb|DY401720.1|DY401720
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|67021956|gb|CO450705.1|CO450705
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCCCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|149111015|gb|EE294514.2|EE294514
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAEST: gi|76931265|gb|DV172687.1|DV172687
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACA
EST: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAG GAACATGGCGCG
genomic: TGATGAGCGGCAGCGTATTGAAGATGCTGGAGGTTTTGTGATGTGGGCAGgtatgccaat ... tgttctatagGAACATGGCGCG
aaagtttcttggtggaatatgattatccttctaatgcccatgctttgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA
ttctaat putative branch site (score: 2)
ctttgttct putative PPT
aatatgattat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgccaatcacttttttttcttaaaaagtttcttggtggaatatgattatccttctaatgcccatgctttgttctatagGAACATGGCGCGTTGGTGGTGTACTTGCTGTTTCGCGTGCTTTTGGTGACAAACTCTTAAAGCAATATGTGGTTGTGGATCCGGAGATCCGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATC