1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...agaagtaggtttcaagattccacctgcagtctatatcccattgtctgattcctcacattttgattgtttaaataaatatgcctatttacgcaaatgctagAATTGGCATTACAAGTGAAGATTTAAAGAATACAATAGAGAAGACATTGGGTGGTGGAGGAGTAGCTCTTTCATCCCCAAGGCTTGTGATTCCTACCGTG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G055606_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tgattcctcacattttgattgtttaaataaatatgcctatttacgcaaatgctagAATTGGCATTACAAGTGAAGATTTAAAGAATACAATAGAGAAGACATTGGGTGGTGGAGGAGTAGCTCTTTCATCCCCAAGGCTTGTGATTCCTACCGTG
tcacattttgattgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agaagtaggtttcaagattccacctgcagtctatatcccattgtctgattcctcacattttgattgtttaaataaatatgcctatttacgcaaatgctagAATTGGCATTACAAGTGAAGATTTAAAGAATACAATAGAGAAGACATTGGGTGGTGGAGGAGTAGCTCTTTCATCCCCAAGGCTTGTGATTCCTACCGTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - cctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ttgattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgcct