1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...caatactgtggtgtggttgaacttctctgttctttgatctggatttccaggacgagtattgactgactgaccatatatattcttgtgatgtgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCATTTAAGCTCTGGAAAGCGCCTAAATATGGGGCTTGAGGAGGGTATCCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G054706_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|84976996|gb|DW475418.1|DW475418
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|71436327|gb|DR817377.1|DR817377
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|113704082|gb|EE681586.1|EE681586
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCCATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|32934251|gb|CF039063.1|CF039063
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|76931667|gb|DV172796.1|DV172796
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|71326889|gb|DR800102.1|DR800102
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|87153522|gb|DY398311.1|DY398311
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCCATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|76923534|gb|DV169534.1|DV169534
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGTTAAAGGGTTTTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|149044688|gb|EE047661.2|EE047661
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|211234326|gb|FL299527.1|FL299527
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCCATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|71428268|gb|DR809318.1|DR809318
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|76017108|gb|DT944278.1|DT944278
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|9731636|gb|BE510388.1|BE510388
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCCATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|37379721|gb|CF626613.1|CF626613
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCCATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|211462811|gb|FL454173.1|FL454173
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCCATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCAEST: gi|21331905|gb|BQ487286.1|BQ487286
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
EST: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAG CGTGGTGGAAACCTTGCCATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
genomic: TAACACGTGTTGATTTGGCTAAAGGGTTCTCTTTTGAGGAGTTTATGAAGgtgagctaga ... tgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCA
tccaggacgagtattgactgactgaccatatatattcttgtgatgtgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCATTTAAGCTCTGGAAAGCGCCTAAATATGGGGCTTGAGGAGGGTATCCAG
gactgac putative branch site (score: 227)
atatatattcttgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caatactgtggtgtggttgaacttctctgttctttgatctggatttccaggacgagtattgactgactgaccatatatattcttgtgatgtgatcaacagCGTGGTGGAAACCTTGCTATGCTTGCTGAGCGCTTCCTGCACGAGGTGGCATTTAAGCTCTGGAAAGCGCCTAAATATGGGGCTTGAGGAGGGTATCCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - tgtggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgatctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgactg