Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaaatcacttgagaattattatatagcctcttagtattttgtagtgttgttttcttatcttttgcttatgtttgtgggggtggaactaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATCAGAAAACGTGTGGTTGACATACTAAAGCAAGCCAAACTTCCCATTGCAC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G051129_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G051129_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g36800.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 6
gtaa-atcacttgagaattattatatagcctc----ttagtattttgtagtgttgtttt-cttatcttttgcttatgtttgtgggggtggaactaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATCAGAAAACGTGTGGTTGACATACTAAAGCAAGCCAAACTTCCCATTGCAC
|||| | ||| |||  ||| ||| |   ||||    | | |||||||||  |||   || ||||||||||| || ||||| |  |  ||  || || ||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||  ||||| |   ||||||||||| || |||| || ||||| ||| |||
gtaagaacacctgaatatttttacaacacctcgatttcattattttgtatcgtttcattacttatcttttggttctgtttctatgt-tgccaccactctagGTTATGGCAGCTGACATGTCTCACCGCCTGGGTTGGATAGACGAGTCAATCAAGAAACGGGCAATTGACATACTAGAGAAAGCGAAGCTTCCAATTACAC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|32849494|gb|CD989175.1|CD989175
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|148997310|gb|EE035805.2|EE035805
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|4688530|gb|AI637200.1|AI637200
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|14203054|gb|BG836731.1|BG836731
EST:     GGACAGGATAT-GRGCATGGCTCCATGGGGAGG-TGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|32850814|gb|CD990495.1|CD990495
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|71763312|gb|DR961249.1|DR961249
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|78112302|gb|DV530696.1|DV530696
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|148957874|gb|EC904028.2|EC904028
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|78085800|gb|DV514193.1|DV514193
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|166491935|gb|EG160823.1|EG160823
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGG
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAA-CTGACATGTCTCACCGCCTGGGG
EST: gi|71425836|gb|DR806927.1|DR806927
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|32850571|gb|CD990252.1|CD990252
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|32850627|gb|CD990308.1|CD990308
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|86467962|gb|DY234332.1|DY234332
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|32850630|gb|CD990311.1|CD990311
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|71770378|gb|DR968315.1|DR968315
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|32839131|gb|CD978812.1|CD978812
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|211518182|gb|FL036411.1|FL036411
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|149102612|gb|EE287968.2|EE287968
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|76293970|gb|DV033538.1|DV033538
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|71427078|gb|DR808128.1|DR808128
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|89764041|gb|DY690993.1|DY690993
EST:     ATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: ATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|74240471|gb|DT648385.1|DT648385
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|71772689|gb|DR970616.1|DR970616
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|88751396|gb|DY535537.1|DY535537
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|211111680|gb|FL466618.1|FL466618
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGA-GSTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|15426855|gb|BI542677.1|BI542677
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGANCA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCNCCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|110195268|gb|EC877165.1|EC877165
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCCCCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|78086294|gb|DV514687.1|DV514687
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC
EST: gi|211133729|gb|FL036419.1|FL036419
EST:     GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACA                         GTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGYGGATAGATGACTCCATC
genomic: GGACAGGATATGGAGCATGGCTCCATGGGGAGGCTGTCGCAGCTGGAACAgtaaatcact ... actaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtagtgttgttttcttatcttttgcttatgtttgtgggggtggaactaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATCAGAAAACGTGTGGTTGACATACTAAAGCAAGCCAAACTTCCCATTGCAC
                                              ctaccct  CT-rich tract
          ttttcttatctttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtaaatcacttgagaattattatatagcctcttagtattttgtagtgttgttttcttatcttttgcttatgtttgtgggggtggaactaccctagGTTATGGCAACTGACATGTCTCACCGCCTGGGGTGGATAGATGACTCCATCAGAAAACGTGTGGTTGACATACTAAAGCAAGCCAAACTTCCCATTGCAC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG