Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gacgacatgtacactgatagcgcatttttcatgatgagtatttgctattcgttctcgtgcatgctgcttactattgcgggcaaacaaacaattcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGCGAGGACTTCCCGGTGCAGAACTACATCGTCAAGGAAGGCCAGCTTGCCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G049811_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G049811_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os06g29180.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gacgacatgtacactgatagcgcatttttcatgatgagtatttgctattcgttctcgtgcatgctgcttacta---ttgcgggcaaacaaacaattcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGCGAGGACTTCCCGGTGCAGAACTACATCGTCAAGGAAGGCCAGCTTGCCA
    | ||||   |   | |     | || || ||  || |    ||    ||   |    ||    | || |   ||   ||||||  |||||||  | |||||| | || || |  || |||| |||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |
--ttatatgtgggcatttggattggtctt-ataatctgtttcctataagtattgctgactgtgtctgtaacgaaatttcacggcaaatgaacaattgctgcagCTGAGATACGCAGCAGGAGTGAAGGACATGCTGGACAGGTACTTCAAAGGGGAAGACTTCCCGGTGCAGAACTACATCGTCAAGGAAGGTCAGCTCGCGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|9742862|gb|BE519010.1|BE519010
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|67016279|gb|CO445028.1|CO445028
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAN                         CTGCNGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|78025682|gb|DV494069.1|DV494069
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATTTTTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGG
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|193502113|gb|AM937924.1|AM937924
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|211347565|gb|FL462325.1|FL462325
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|211273135|gb|FL031458.1|FL031458
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCSCAR                         CTGCGGTATGCGGATGGKGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|7216776|gb|AW562898.1|AW562898
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|60344797|gb|DN211770.1|DN211770
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|60346732|gb|DN213705.1|DN213705
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|78543856|gb|DV621354.1|DV621354
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|32844007|gb|CD983688.1|CD983688
EST:     CAAACCATGCCGTGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|9952240|gb|BE638823.1|BE638823
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|60338901|gb|DN205874.1|DN205874
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|14244609|gb|BG842547.2|BG842547
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|32863792|gb|CF003474.1|CF003474
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|29544962|gb|CB605140.1|CB605140
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|50333108|gb|CO528234.1|CO528234
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|24764385|gb|CA399550.1|CA399550
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|14244598|gb|BG842536.2|BG842536
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|40336853|gb|CK370923.1|CK370923
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|31361916|gb|CD446273.1|CD446273
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|84969946|gb|DW468339.1|DW468339
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|20802331|gb|BQ293381.1|BQ293381
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|60351068|gb|DN218041.1|DN218041
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|32849315|gb|CD988996.1|CD988996
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|87156832|gb|DY401621.1|DY401621
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|4967219|gb|AI692105.1|AI692105
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|31359127|gb|CD443484.1|CD443484
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|5468879|gb|AI834670.1|AI834670
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|60352560|gb|DN219533.1|DN219533
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|14204312|gb|BG837989.1|BG837989
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|30705800|gb|CD058924.1|CD058924
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|4886219|gb|AI677339.1|AI677339
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|149098747|gb|EE184759.2|EE184759
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|21331384|gb|BQ486765.1|BQ486765
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|5055891|gb|AI734778.1|AI734778
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|149100378|gb|EE186449.2|EE186449
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|24769726|gb|CA404855.1|CA404855
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|27521958|gb|CA989064.1|CA989064
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATTTTTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|24763748|gb|CA398919.1|CA398919
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|24769660|gb|CA404789.1|CA404789
EST:     CAAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGAATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|24773911|gb|CA409165.1|CA409165
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|7227669|gb|AW566310.1|AW566310
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
EST: gi|4966582|gb|AI691438.1|AI691438
EST:     CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAG                         CTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC
genomic: CTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 391

TGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCTGGCGCTACATGCCTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGCGAGGACTTCCCGGTGCAGAACTACATCGTCAAGGAAGGCCAGCTTGCCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 281

TGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCTGGCGCTACATGCCTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGCGAGGACTTCCCGGTGCAGAACTACATCGTCAAGGAAGGCCAGCTTGCCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 202

TGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCTGGCGCTACATGCCTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGCGAGGACTTCCCGGTGCAGAACTACATCGTCAAGGAAGGCCAGCTTGCCA


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 353

TGTGTGGTTCCCACAGCCAGCACCAAAGGATCACCCCTGGCGCTACATGCCTAACCATGCCATGACCCCTCACATCTCTGGGACTACAATTGATGCGCAGgtcaggttct ... attcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGCGAGGACTTCCCGGTGCAGAACTACATCGTCAAGGAAGGCCAGCTTGCCA




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattcgttctcgtgcatgctgcttactattgcgggcaaacaaacaattcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGCGAGGACTTCCCGGTGCAGAACTACATCGTCAAGGAAGGCCAGCTTGCCA
                   tgcttac  putative branch site (score: 353)
                      ttactatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gacgacatgtacactgatagcgcatttttcatgatgagtatttgctattcgttctcgtgcatgctgcttactattgcgggcaaacaaacaattcatacagCTGCGGTATGCGGATGGTGTGAGGGACATGCTGGATAGGTATTTCAAGGGCGAGGACTTCCCGGTGCAGAACTACATCGTCAAGGAAGGCCAGCTTGCCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - -catgtac
- - - - - - - - - - - - - - - atgatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgctt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgcgggc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaacaaa