1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtattttaatgtatgcagcgtttcggtagccttttattatcagctttattctaacattgtgtgctctttttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGCCTATGATCGATCAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G046587_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|19351061|gb|BM895593.1|BM895593
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCTTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|32849179|gb|CD988860.1|CD988860
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCGG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCTTGCGAGCTCGTGCTATTTGGCTCATGEST: gi|88756535|gb|DY540676.1|DY540676
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|13126709|gb|BG317279.1|BG317279
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|32924525|gb|CF029337.1|CF029337
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCTTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|18168735|gb|BM338575.1|BM338575
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|76016905|gb|DT944075.1|DT944075
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: CCCCCTGGATGTCCTCATATTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|149099848|gb|EE185900.2|EE185900
genomic: CCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|74244614|gb|DT652528.1|DT652528
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|13126527|gb|BG317097.1|BG317097
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|17931649|gb|BM268609.1|BM268609
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|60337363|gb|DN204336.1|DN204336
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|32924252|gb|CF029064.1|CF029064
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCTTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|60348368|gb|DN215341.1|DN215341
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|32831285|gb|CD970963.1|CD970963
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCTTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|13491080|gb|BG517844.1|BG517844
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|74244615|gb|DT652529.1|DT652529
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|13126526|gb|BG317096.1|BG317096
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|9732830|gb|BE511582.1|BE511582
genomic: GGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|32851273|gb|CD990954.1|CD990954
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCTTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGEST: gi|60354612|gb|DN221585.1|DN221585
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGAAGEST: gi|149099849|gb|EE185901.2|EE185901
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGC---AGgtattttaat ... tttctgga
EST: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAG GAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
genomic: GCACACTCTGTGAGGATAACGACCCCCTGGATGTCCTCATACTGATGCAGgtattttaat ... tttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATG
cggtagccttttattatcagctttattctaacattgtgtgctctttttctggaagGAACAAGTTGTCCCTGGGTGTTTCCTGCGAGCTCGTGCTATTGGGCTCATGCCTATGATCGATCAG
ttctaac putative branch site (score: 1)
tgtgctctttttct putative PPT
tttattctaacatt TA-rich tract