ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

gtatgcgcttcgatgcatgctgtcgacctatttccttgagatccacttttgttttgggtctgcgtatacccatgttttatgatctatttttggatgtacattattgtagtttgttctgtttttagttgaatgacatcatcttgttatttttcatggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G045371_T02
intron #	5
splice site	3'
intron type	U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|60396523|gb|DN229392.1|DN229392

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|18654592|gb|BM499397.1|BM499397

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|5650369|gb|AI920729.1|AI920729

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|37376121|gb|CF624562.1|CF624562

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGT-CTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCTCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|71759295|gb|DR957232.1|DR957232

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTTTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|211320125|gb|FL100656.1|FL100656

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|211320131|gb|FL100662.1|FL100662

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTT
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTT

EST: gi|76018879|gb|DT946049.1|DT946049

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|5901279|gb|AW042379.1|AW042379

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|89251732|gb|DY623518.1|DY623518

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTTTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|8273042|gb|BE012139.1|BE012139

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCTCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|32908095|gb|CF012908.1|CF012908

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTACATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|15214985|gb|BI431121.1|BI431121

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCTCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|19437162|gb|BM953572.1|BM953572

EST:     CTTTGTATGGTGCTTGTGGATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCCAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|32802701|gb|CD954937.1|CD954937

EST:     CATCAGAATCCTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|33094866|gb|CF054860.1|CF054860

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|76923710|gb|DV169620.1|DV169620

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|113702572|gb|EE680076.1|EE680076

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCTCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|211320129|gb|FL100660.1|FL100660

EST:     ATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAAATC-ATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCCAGGCCCTGAAATCATCAGT
genomic: ATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAA-TCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAG-CCCTGAATTCATCAGT

EST: gi|211320128|gb|FL100659.1|FL100659

EST:     CATCAGAATCTTTGGATGGTGCTTGGGA-TCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAGGCCCTGAATTCATC
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATC

EST: gi|32913371|gb|CF018183.1|CF018183

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAGCTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAG
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAG

EST: gi|8577257|gb|BE129894.1|BE129894

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCTCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|5847042|gb|AW000121.1|AW000121

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|5847438|gb|AW000517.1|AW000517

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|19351598|gb|BM896130.1|BM896130

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|14244825|gb|BG842763.2|BG842763

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|71438351|gb|DR819401.1|DR819401

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|32933540|gb|CF038352.1|CF038352

EST:     ACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: ACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|30088393|gb|CB886598.1|CB886598

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|60355770|gb|DN222743.1|DN222743

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|211320127|gb|FL100658.1|FL100658

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACT
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACT

EST: gi|5819196|gb|AI987402.1|AI987402

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|76284605|gb|DV024173.1|DV024173

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|14243549|gb|BG841232.2|BG841232

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|32802966|gb|CD955202.1|CD955202

EST:     CATAAAAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|5895676|gb|AW036922.1|AW036922

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|78091664|gb|DV520038.1|DV520038

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|5713879|gb|AI943864.1|AI943864

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|5525801|gb|AI861694.1|AI861694

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTTTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|50337097|gb|CO532223.1|CO532223

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|60337993|gb|DN204966.1|DN204966

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|37390704|gb|CF632585.1|CF632585

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCTCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|18654593|gb|BM499398.1|BM499398

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|60395156|gb|DN228025.1|DN228025

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|60344976|gb|DN211949.1|DN211949

EST:     CTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|71433402|gb|DR814452.1|DR814452

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|6056973|gb|AW091378.1|AW091378

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|32805139|gb|CD957375.1|CD957375

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|78086605|gb|DV514998.1|DV514998

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|89760015|gb|DY688633.1|DY688633

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTTTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|76923708|gb|DV169619.1|DV169619

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|78106723|gb|DV525141.1|DV525141

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|40334026|gb|CK368096.1|CK368096

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATTTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCTCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|33101464|gb|CF061424.1|CF061424

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|31361651|gb|CD446008.1|CD446008

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|32789254|gb|CD941490.1|CD941490

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|71774247|gb|DR972125.1|DR972125

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|60352145|gb|DN219118.1|DN219118

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|5791311|gb|AI978103.1|AI978103

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|116827042|gb|EC870897.1|EC870897

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCACTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|116826373|gb|EC870155.1|EC870155

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

EST: gi|211275645|gb|FL309928.1|FL309928

EST:     CATCAGAATCTTTGTATGGKGCTTGKGAATCCATGTACAAGCCGGACATG                         CAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCTCTGAATTCATCAGTA
genomic: CATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTA

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 424

GGAGCTGGCCAAGGATTTTGTTGTTTCTGGAACAGCATCAGAATCTTTGTATGGTGCTTGTGAATCCATGTACAAGCCGGACATGgtatgcgctt ... catggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 507

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 501

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tagtttgttctgtttttagttgaatgacatcatcttgttatttttcatggcatagCAACCTGATGAACTCTTCGAGACTATATCCCAAGCCCTGAATTCATCAGTAGACCGTGACTGCCTTAGCGGATGGGGTGGCTATGTGTTGATTGT

                                tcttgttatttttc  CT-rich tract
                               atcttgttattttt  TA-rich tract

Data associated with selected splice site

Sequence

Basic information

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

RNA-Seq data