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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ataaacctgcaaatcaccattgtccattcataagctatcaggttgacccgaccacattctcattactgatatcattttgttttggttcaggcgGGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G043198_T03
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os08g42410.2 (Oryza sativa), 3'ss of exon 3
---------ataaacctgc----aaatcaccattgtccattcataagctatcaggttgacccgaccacattctcattactgatatcattttgttttggttcaggcgGGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG
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gtgatactcttaaaccttctgagtgaccgctggtgtccactcataagcagctagagtgacgcagtcacattga-agtactgatatgtttgcattctg-ttcagGCTGGTTTTACTGGAATTGGTGTTGGTGCTGCCTATCAAGGTCTTCGCCCTGTGGTTGAGTTCATGACATTTAACTTCTCTATGCAG

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: GLYMA02G46380.2 (Glycine max), 3'ss of exon 5
----ataaacctgcaaatcaccattgtccattcataagctatcaggttgacccgaccacattctcattactgatatcattttgttttgg-------ttcaggcgGGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG
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gcttctcactttaaaattcataggaaaataa-catgattttttttttatagttggttgcagctgttggattgacataatttttttgtgaaatataatacagGCTGGGTTTACTGGGATTGGAGTTGGCGCTGCTTACTATGGTCTAAGGCCTGTTGTGGAGTTCATGACTTTTAACTTCTCCATGCAG

upper sequence: GRMZM2G043198_T03 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv01s0146g00310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 6
---------------------------ataaacctgcaaatcaccattgtccattcataagctatcaggttgacccgaccacattctcattactgat-atcatttt-------gttttggtt----------caggcgGGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG
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gtaagttctgttacatgacttgcccatataagtggataagtttttgct-cctttttgtaaattttgtgattaatccaaaaattttcttattattagtcgttactttctacaacatgtttgttacatattttgcagGCTGGTTTTACTGGGATTGGAGTTGGTGCTGCTTACTATGGTCTTAAGCCTGTTGTAGAGTTCATGACATTTAATTTCTCTATGCAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211099620|gb|FL375433.1|FL375433
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EST: gi|149112130|gb|EE191255.2|EE191255
EST:     TTGACAAGTATGGCCCCGATAGGGTTCTCGATACTCCGATCACTGAGGCG                         GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATT
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EST: gi|211273080|gb|FL371948.1|FL371948
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EST: gi|71310907|gb|DR791756.1|DR791756
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EST: gi|78112129|gb|DV530525.1|DV530525
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EST: gi|38687965|gb|CK144996.1|CK144996
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EST: gi|78092119|gb|DV520493.1|DV520493
EST:     TTGACAAGTATGGCCCCGATAGGGTTCTCGATACTCCGATCACTGAGGCG                         GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATT
genomic: TTGACAAGTATGGCCCCGATAGGGTTCTCGATACTCCGATCACTGAGGTTataaacctgc ... ggttcaggcgGGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATT
EST: gi|20507600|gb|BQ279700.1|BQ279700
EST:     TTGACAAGTATGGCCCCGATAGGGTTCTCGATACTCCGATCACTGAGGCG                         GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATT
genomic: TTGACAAGTATGGCCCCGATAGGGTTCTCGATACTCCGATCACTGAGGTTataaacctgc ... ggttcaggcgGGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATT
EST: gi|32828890|gb|CD968568.1|CD968568
EST:     TTGACAAGTATGGCCCGGATAGGGTTCTCGATACTCCGATCACTGAGGCG                         GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATT
genomic: TTGACAAGTATGGCCCCGATAGGGTTCTCGATACTCCGATCACTGAGGTTataaacctgc ... ggttcaggcgGGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATT
EST: gi|71431246|gb|DR812296.1|DR812296
EST:     TTGACAAGTATGGCCCCGATAGGGTTCTCGATACTCCGATCACTGAGGCG                         GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATT
genomic: TTGACAAGTATGGCCCCGATAGGGTTCTCGATACTCCGATCACTGAGGTTataaacctgc ... ggttcaggcgGGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATT
EST: gi|149060161|gb|EE157129.2|EE157129
EST:     TTGACAAGTATGGCCCCGATAGGGTTCTCGATACTCCGATCACTGAGGCG                         GGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATT
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 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

caggttgacccgaccacattctcattactgatatcattttgttttggttcaggcgGGCTTCACTGGCATTGGTGTTGGTGCCGCTTACCATGGTCTTCGACCTATTGTAGAGTTCATGACATTTAACTTTTCGATGCAG
                         tactgat  putative branch site (score: 2)
                              atatcattttgtttt  TA-rich tract