1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gtaatttgtgcttcattttgcaagccgtgtctatctatgctgggaaacaggaacctaattaacgttttgtgctcttttcatacccagGTGCTAATGCCGATATACATGTCATTCCAAAAATTGAAAGTGCAGATTCAATACCAAACCTGCAGTCCATTATTGCTGCTTCAGATGGG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G033526_T02 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTGTGAAGGATGCCAAAGTTATCCATGAATTAAAAGCACTACCTTAAAA GTGCTAATGCCGATATACATGTCATTCCAAAAATTGAAAGTGCAGATTCAAEST: gi|60341691|gb|DN208664.1|DN208664
genomic: TTTGTGAAGGATGCCAAAGTTATCCATGAATTAAAAG-ACTACCTTAAAAgtaatttgtg ... tcatacccagGTGCTAATGCCGATATACATGTCATTCCAAAAATTGAAAGTGCAGATTCAA
EST: CTTTGTGAAGGATGCCAAAGTTATCCATGAATTAAAAGACTACCTTAAAA GTGCTAATGCCGATATACATGTCATTCCAAAAATTGAAAGTGCAGATTCAA
genomic: CTTTGTGAAGGATGCCAAAGTTATCCATGAATTAAAAGACTACCTTAAAAgtaatttgtg ... tcatacccagGTGCTAATGCCGATATACATGTCATTCCAAAAATTGAAAGTGCAGATTCAA
atctatgctgggaaacaggaacctaattaacgttttgtgctcttttcatacccagGTGCTAATGCCGATATACATGTCATTCCAAAAATTGAAAGTGCAGATTCAATACCAAACCTGCAGTCCATTATTGCTGCTTCAGATGGG
aattaac putative branch site (score: 845)
ttttgtgctcttttc CT-rich tract
taattaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaatttgtgcttcattttgcaagccgtgtctatctatgctgggaaacaggaacctaattaacgttttgtgctcttttcatacccagGTGCTAATGCCGATATACATGTCATTCCAAAAATTGAAAGTGCAGATTCAATACCAAACCTGCAGTCCATTATTGCTGCTTCAGATGGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGATG