Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttgtgcttgtaatgttcgatgtcatagtacatcatagaggtgatgccatttctcatgttggcaaccacaaaggccttatttatagcagctgtatattagtaatcaagagtaggttggaagccttaaattacttttcggttcccctctgctgataacatcattgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G026311_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|71297620|gb|DR784761.1|DR784761
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGATTACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|76021476|gb|DT948646.1|DT948646
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTTT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|78088647|gb|DV517040.1|DV517040
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|87155520|gb|DY400309.1|DY400309
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|78088648|gb|DV517041.1|DV517041
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|148962831|gb|EE013751.2|EE013751
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGT-GAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|78087906|gb|DV516299.1|DV516299
EST:     TTCCTACCGAATTTAATAA-GACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACG
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACG
EST: gi|32846677|gb|CD986358.1|CD986358
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|5018429|gb|AI714622.1|AI714622
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|101396301|gb|EB820076.1|EB820076
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTTT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|211125818|gb|FL435219.1|FL435219
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|71330916|gb|DR802256.1|DR802256
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTTTCATGGTTT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|71297617|gb|DR784760.1|DR784760
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTTT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|21809751|gb|BQ668069.1|BQ668069
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCGCGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|78026633|gb|DV495020.1|DV495020
EST:     TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
EST: gi|5686760|gb|AI939853.1|AI939853
EST:     TTAAATAAAGACCCCAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAG                         GCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT
genomic: TTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 48 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 94

TAGTGGTTTTGAAGTAATTTCTGTTGGGAGGAGAAAGCTTGTGCGTTCAGTTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 38

TAGTGGTTTTGAAGTAATTTCTGTTGGGAGGAGAAAGCTTGTGCGTTCAGTTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG


Block sizes: 45 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 43

TAGTGGTTTTGAAGTAATTTCTGTTGGGAGGAGAAAGCTTGTGCGTTCAGTTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 45

TAGTGGTTTTGAAGTAATTTCTGTTGGGAGGAGAAAGCTTGTGCGTTCAGTTCCTACCGAATTAAATAAAGACCACAGTGGGATACTTGGGCTAGCTCAGgtttgtgctt ... tgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gaagccttaaattacttttcggttcccctctgctgataacatcattgacatgtagGCTGATGGCTATGTCACGGTGGAACAAGTTGAAAAGGAATTCTCATGGTCTACTGGGCGTGCGATTGATGCTCTTGAAACTTTGCTCAAG
      ttaaattactttt  TA-rich tract