Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaatggtttgtcctgttcctttttgctgttgttttaattataccttaaagcttatgttttgggccctgtttgatgttgaaactaacaaacatatttcatttcgcctaaatattgtctgctccaatgaatgtgctagttctttttcaatatttgatattatattggattttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G024151_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211165156|gb|FL324133.1|FL324133
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|61117965|gb|DN558926.1|DN558926
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|6918384|gb|AW399914.1|AW399914
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|61117964|gb|DN558925.1|DN558925
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|116824535|gb|EC868155.1|EC868155
EST:     GATGAA-CAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTAT-TGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: GATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|61117966|gb|DN558927.1|DN558927
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|5928717|gb|AW055934.1|AW055934
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|60349962|gb|DN216935.1|DN216935
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|32863940|gb|CF003622.1|CF003622
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
EST: gi|30087106|gb|CB885314.1|CB885314
EST:     AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAG                         ATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA
genomic: AGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 1010

CCTTGAGTATGTGCCGGAGACAGTTCATCGAGTTGTGAAGCATCACAACAAGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 368

CCTTGAGTATGTGCCGGAGACAGTTCATCGAGTTGTGAAGCATCACAACAAGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 375

CCTTGAGTATGTGCCGGAGACAGTTCATCGAGTTGTGAAGCATCACAACAAGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 476

CCTTGAGTATGTGCCGGAGACAGTTCATCGAGTTGTGAAGCATCACAACAAGATGAACCAACGCATGCCACTTATTTATGTGAAGCTGTATATGTACCAGgtaatggttt ... attttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccaatgaatgtgctagttctttttcaatatttgatattatattggattttggcagATATGTAGGGCATTGGCTTACATTCATGGCACTATTGGTGTCTGCCACAGAGATATTAAGCCACAAAACCTTCTG
                            atttgat  putative branch site (score: 476)
                ttctttttcaatattt  TA-rich tract