Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgttttctggttcactattctaattagttaacttgaaagtactggcaattgttttaatttcatctgtgatttttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGATGATAGTATTTCATGGAACTTCCCACCATTCACATTGTTCTTAAACTGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G022793_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G022793_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os08g04110.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtatgttttctggttcactattctaattagttaacttgaaagtactggcaattgttttaatttcatctgtgatttttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGATGATAGTATTTCATGGAACTTCCCACCATTCACATTGTTCTTAAACTGC
|||| ||  |    ||  | |  |||||| |||||||||||  |||    ||| |||| | ||  ||      ||||||||||||||| | || ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
gtatcttgacca-ctcgatctcataattaattaacttgaaa--acttttcattattttgactttgtcataccattttcctgcagTGCTTTGTGTCTCTTTATTCCCTGGTTGTTCTTAGAGAAGCCCAAGATGGATGAAAGTGCCTCATGGAACTTCCCACCATTCACATTGTTCTTAAACTGC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|91053683|gb|EB164101.1|EB164101
EST:     GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG                         TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: gi|31359418|gb|CD443775.1|CD443775
EST:     GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG                         TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGGTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: gi|148949951|gb|EC895462.2|EC895462
EST:     GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG                         TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: gi|148958042|gb|EC904220.2|EC904220
EST:     GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG                         TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: gi|31351537|gb|CD435894.1|CD435894
EST:     GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG                         TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: gi|211234820|gb|FL436043.1|FL436043
EST:     GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG                         TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: gi|78078651|gb|DV507063.1|DV507063
EST:     CTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG                         TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: CTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: gi|93012085|gb|EB637605.1|EB637605
EST:     GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG                         TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: gi|31352699|gb|CD437056.1|CD437056
EST:     TCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG                         TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: TCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
EST: gi|67023288|gb|CO452037.1|CO452037
EST:     GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAG                         TGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA
genomic: GGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 47 (upstream exon), 45 (downstream exon)
Score: 41

TTGCGGAAGCCCTAAGACTTATCTTCATTGAGATATTTCTGAAGAAAAAGGGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGATGATAGTATTTCATGGAACTTCCCACCATTCACATTGTTCTTAAACTGC


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 81

TTGCGGAAGCCCTAAGACTTATCTTCATTGAGATATTTCTGAAGAAAAAGGGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGATGATAGTATTTCATGGAACTTCCCACCATTCACATTGTTCTTAAACTGC


Block sizes: 47 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 113

TTGCGGAAGCCCTAAGACTTATCTTCATTGAGATATTTCTGAAGAAAAAGGGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGATGATAGTATTTCATGGAACTTCCCACCATTCACATTGTTCTTAAACTGC


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 114

TTGCGGAAGCCCTAAGACTTATCTTCATTGAGATATTTCTGAAGAAAAAGGGTGTCAAGCTCAACTTGATATCCATGATGTACTATGTTAGCCCTTGCAGgtatgttttc ... tttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGATGATAGTATTTCATGGAACTTCCCACCATTCACATTGTTCTTAAACTGC




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttaacttgaaagtactggcaattgttttaatttcatctgtgatttttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGATGATAGTATTTCATGGAACTTCCCACCATTCACATTGTTCTTAAACTGC
                         ttttaat  putative branch site (score: 114)
                                           tttttcctgc  putative PPT
                    aattgttttaatttca  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgttttctggttcactattctaattagttaacttgaaagtactggcaattgttttaatttcatctgtgatttttcctgcagTGCTGTATGCCTCTTTATTCCCTGGCTGTTCTTAGAGAAGCCAAAGATGGATGATAGTATTTCATGGAACTTCCCACCATTCACATTGTTCTTAAACTGC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA