Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtttaacataatatttcctatgtattaattttgaagcggctttcggtttggtgtttgatatcattcttttctacttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTTGACTGTTGCTACTCGTAATACCTTTGGTGATCTTGATCAAAGTGTTCGC

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G017086_T01
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G017086_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g36930.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtttaacataatatttcctatgtattaattttgaagcggctttcggtttggtgtttgatatcattcttttctacttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTTGACTGTTGCTACTCGTAATACCTTTGGTGATCTTGATCAAAGTGTTCGC
|||  ||  || ||| | |     | | ||||||||           ||  ||  | |  ||||   ||| |||||||  || |||||||||| ||| || ||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| || || || ||||||||||||||||| 
gttccactgaaaattgctttgaagtaagttttgaagaaaggaatttcttcttggctaac-tcatatgttt-tacttgtgcagTTATTCAGATAATGTGAGGGGTAATGGTGTTGACCAAGCCTCCCATAATTTGACTGTTGCAACTCGTAATACTTTCGGAGAGCTTGATCAAAGTGTTCGG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211522096|gb|FL426854.1|FL426854
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTG
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTG
EST: gi|32934266|gb|CF039078.1|CF039078
EST:     TTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: TTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211020022|gb|FL404266.1|FL404266
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAG
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAG
EST: gi|211542655|gb|FL412583.1|FL412583
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTTAG                         CTATTCAGATACTG
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTG
EST: gi|241994792|gb|GR421145.1|GR421145
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211144966|gb|FL424885.1|FL424885
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|78121540|gb|DV539924.1|DV539924
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211168209|gb|FL421347.1|FL421347
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGT
EST: gi|211408393|gb|FL407128.1|FL407128
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAG
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAG
EST: gi|211513751|gb|FL391725.1|FL391725
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTG-TAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATT
EST: gi|32932531|gb|CF037343.1|CF037343
EST:     CA-TGNCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: CATTG-CAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211059996|gb|FL387688.1|FL387688
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAAGTAATGGCATTGACCCAGCTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTT
EST: gi|211099805|gb|FL386855.1|FL386855
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGAATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGA-TACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATT
EST: gi|32863109|gb|CF002791.1|CF002791
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211106564|gb|FL394472.1|FL394472
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|32935100|gb|CF039912.1|CF039912
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|32930082|gb|CF034894.1|CF034894
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|32945380|gb|CF050199.1|CF050199
EST:     TTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: TTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|32911302|gb|CF016114.1|CF016114
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211219147|gb|FL370888.1|FL370888
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAATAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCAT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCAT
EST: gi|32932473|gb|CF037285.1|CF037285
EST:     AGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAACCTTCTCATAATTT
genomic: AGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211085323|gb|FL409653.1|FL409653
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211254374|gb|FL402662.1|FL402662
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAG
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAG
EST: gi|74240015|gb|DT647929.1|DT647929
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211141962|gb|FL418179.1|FL418179
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCANCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTC
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTC
EST: gi|32931528|gb|CF036340.1|CF036340
EST:     TGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: TGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|67017287|gb|CO446036.1|CO446036
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211536230|gb|FL396283.1|FL396283
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|33094903|gb|CF054897.1|CF054897
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211335073|gb|FL428116.1|FL428116
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGTTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|31998167|gb|CD661962.1|CD661962
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|211459123|gb|FL410721.1|FL410721
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
EST: gi|50332356|gb|CO527482.1|CO527482
EST:     ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAG                         CTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT
genomic: ACATTGCAATGTCTGCATTCTGTTCCAGAGCTGAAGTCAGCGCTGCTAAGgtttaacata ... acttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttgaagcggctttcggtttggtgtttgatatcattcttttctacttgtctagCTATTCAGATACTGTAAGAGGTAATGGCATTGACCAAGCTTCTCATAATTTGACTGTTGCTACTCGTAATACCTTTGGTGATCTTGATCAAAGTGTTCGC
                                    ttcttttctacttgtc  CT-rich tract
                          tttgatat  TA-rich tract