Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaggtgacaacttgagaattaaattatgtgcacaagagccaataatcataagttattctgatttaacatgacattttttcagaataagttcacacgtcaccagtttggcaacacgttagaatgttgacaggtggtccctagctggcgttatcttatggttatgtgttgtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCTGGGGAAGGGCAGTTTTACACATACATGGTTCTCATTTCAGAGACAACCA

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G016184_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G016184_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os03g46410.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
gtaggtg---acaacttgagaat-taaattat-gtgcacaagagccaataatcataagttattctgatttaacatgacattttttcagaataagttcacacgtcaccagtttggcaacacgttagaatgttgacaggtggtccctagctggcgttatcttatggttatgtgttgtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCTGGGGAAGGGCAGTTTTACACATACATGGTTCTCATTTCAGAGACAACCA
||| |||   |  | |||   || || | |||  |  |  |     | |  | || | |||   | | ||||  | |  |||  |   |||||| |||  ||  |  | ||||||| || ||||||  |||   |||| || ||| | | ||  |||||||| ||| | | ||||  || ||| || |||| |||||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||
gtatgtgttcagcatttgtctatatatactattataaattaagttaattgctaatgaattaggtttagttaaattta-gtttggtttcaataagctcatgcgata--attttggcagcatgttagacagtt---aggtagtgcctggttagcaatatcttattgttgtatattgtt-ttgcagATCGTCCATCATACTCTTTCTCTAGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCAGGGGAGGGTCAGTTCTACACATACATGGTTCTTATTTCAGAAACAACCA

upper sequence: GRMZM2G016184_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: Vv12s0028g01000.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 4
gtaggtgacaacttgagaattaaattatgtgcacaagagccaataatcataagttattctgatttaacatgacattttttcagaataagttcacacgtcaccagtttggcaacacgttagaatgttgacaggtggtccctagctggcgttatcttatggttatgtgttgtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCTGGGGAAGGGCAGTTTTACACATACATGGTTCTCATTTCAGAGACAACCA
                                                                          |  |    |     ||              | |   |||  ||   | |    ||  |   |   | | ||| |  |||       |     ||||||||||||||  | || |||  | | ||  | | |||| | || ||  |||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||||||||| || || |||||||| |
-------------------------------------------------------------------------gtggtggaggtgggggtgggaggaaagttgatgttttaacttgtagaagtaaaaacttgaaat---tggttgg-gaaatcaaggcactg-acattgtcatttcagGTGGTTCATCATCTTTTATCTATAGCTGCAGTGGCATATGCAATGTTGACTGGGGAAGGGCAACTTTACACCTACATGGTTCTTATCTCTGAGACAACAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211179443|gb|FL364371.1|FL364371
EST:     TCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCTTTCCCTTGGTGGAAATG-AATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTTCCTGGTTGCAATAGCT-ACACAATGTTGTC
genomic: TCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAA-TGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTC
EST: gi|86474267|gb|DY240637.1|DY240637
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|60400317|gb|DN233124.1|DN233124
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|211286255|gb|FL063748.1|FL063748
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|44681921|gb|CK786969.1|CK786969
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGCATCCTTCCCTTGGGGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGGTTGCAATAGCCTTACACAATGGTTG
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGG-TTGCAATAGC-TTACACAATG-TTG
EST: gi|76293603|gb|DV033171.1|DV033171
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|148947020|gb|EC892317.2|EC892317
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|76286797|gb|DV026365.1|DV026365
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|67030326|gb|CO459075.1|CO459075
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|148947019|gb|EC892316.2|EC892316
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|50322746|gb|CO517872.1|CO517872
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|50338098|gb|CO533224.1|CO533224
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|148953653|gb|EC899012.2|EC899012
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|83278187|gb|DV942195.1|DV942195
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|67017667|gb|CO446416.1|CO446416
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
EST: gi|76280960|gb|DV020528.1|DV020528
EST:     ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATAT                         GTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT
genomic: ATCTTGCAATGATCTTCTGGCTGTATCCTTCCCTTGGTGGAATGGAATATgtaggtgaca ... gtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gttgacaggtggtccctagctggcgttatcttatggttatgtgttgtcatttcagGTCCTCCACCATACTGTTTCCCTGGTTGCAATAGCTTACACAATGTTGTCTGGGGAAGGGCAGTTTTACACATACATGGTTCTCATTTCAGAGACAACCA
 tgttgac  putative branch site (score: 3)
                                              tcatttc  putative PPT
                         ttatcttat  TA-rich tract