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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgtataaaatatttacctttatgtcaatgaattaccttgatggtatagcgactaggatctctaaatctctaatgtctgctgttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G014313_T02
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G014313_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os09g32220.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
----------gtatgtataaaatatttacctttatgtca----atgaattaccttgatggtatagcgactaggatctctaaat--ctctaatg-tctgctgttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG
           ||| | |||  | |||  |   ||| ||    | |||| | || | |  ||||   |  |  |  ||| ||   |||||||| | |  |||||     ||||| || |||||||| || || ||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |
gtgcgtatatttatttttaatttttttgtcaaaatgccaggtaaggaatgatctaggttatatatgaatcacaacttctgaagtgctctaatggtttcttgttattatcagGTACTTTCTCAATTTGTTTGGTTTGAGGGGTCTCTTCAGTCTGATCCTCGGTGAAGAAAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|12970851|gb|BG267190.1|BG267190
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|14585636|gb|BI135388.1|BI135388
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|60338600|gb|DN205573.1|DN205573
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|86468606|gb|DY234976.1|DY234976
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|5650204|gb|AI920564.1|AI920564
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|211150578|gb|FL418267.1|FL418267
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|78092972|gb|DV521346.1|DV521346
EST:     GACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|60401153|gb|DN233960.1|DN233960
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|71443118|gb|DR824168.1|DR824168
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|71324326|gb|DR798864.1|DR798864
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|37399865|gb|CF637274.1|CF637274
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|78121870|gb|DV540254.1|DV540254
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|45847449|gb|CN071392.1|CN071392
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCCATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|33104091|gb|CF064051.1|CF064051
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCCGATCCTTGG
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EST: gi|31356975|gb|CD441332.1|CD441332
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|211069861|gb|FL218069.1|FL218069
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|32936209|gb|CF041021.1|CF041021
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGG
EST: gi|94477440|gb|EB706398.1|EB706398
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|71446698|gb|DR827748.1|DR827748
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|91055764|gb|EB166182.1|EB166182
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|14717593|gb|BI245243.1|BI245243
EST:     GGGATTGACCTGAGCCCTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
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EST: gi|18181187|gb|BM382397.1|BM382397
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|78025548|gb|DV493935.1|DV493935
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|211212163|gb|FL396523.1|FL396523
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
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EST: gi|16917576|gb|BM073349.1|BM073349
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|211434223|gb|FL403309.1|FL403309
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTAAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|60398183|gb|DN230999.1|DN230999
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
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EST: gi|148954192|gb|EC899598.2|EC899598
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|31356132|gb|CD440489.1|CD440489
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|32851266|gb|CD990947.1|CD990947
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|14202406|gb|BG836083.1|BG836083
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|15554277|gb|BI644275.1|BI644275
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|67020108|gb|CO448857.1|CO448857
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|32864289|gb|CF003971.1|CF003971
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|94473567|gb|EB702525.1|EB702525
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|31356090|gb|CD440447.1|CD440447
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|78090530|gb|DV518904.1|DV518904
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|60350629|gb|DN217602.1|DN217602
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|15590499|gb|BI675115.1|BI675115
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|50337384|gb|CO532510.1|CO532510
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|71324327|gb|DR798865.1|DR798865
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|91875885|gb|EB405842.1|EB405842
EST:     GGGATTGCCCTGAGCCCTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCATTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|71439477|gb|DR820527.1|DR820527
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|4886165|gb|AI677285.1|AI677285
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|211010153|gb|FL113900.1|FL113900
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|15053715|gb|BI359260.1|BI359260
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|211010150|gb|FL113897.1|FL113897
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|60356673|gb|DN223646.1|DN223646
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|211069864|gb|FL218072.1|FL218072
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|211063347|gb|FL405204.1|FL405204
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|31356942|gb|CD441299.1|CD441299
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|93014361|gb|EB639881.1|EB639881
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
EST: gi|32937025|gb|CF041844.1|CF041844
EST:     GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATG                         GTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG
genomic: GGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 242

CAAAAATCCCCTTTCCATTGACTCAGAGATTCAGGGGAATGCTGCAAAATGGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 251

CAAAAATCCCCTTTCCATTGACTCAGAGATTCAGGGGAATGCTGCAAAATGGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 351

CAAAAATCCCCTTTCCATTGACTCAGAGATTCAGGGGAATGCTGCAAAATGGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 273

CAAAAATCCCCTTTCCATTGACTCAGAGATTCAGGGGAATGCTGCAAAATGGGATTGACCTGAGCACTGTTGATGTCAGCTATGTTAGTAGCCGGTCATGgtatgtataa ... ttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatggtatagcgactaggatctctaaatctctaatgtctgctgttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG
                              ctctaat  putative branch site (score: 273)
                       tctaaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgtataaaatatttacctttatgtcaatgaattaccttgatggtatagcgactaggatctctaaatctctaatgtctgctgttaccgatagGTATTTCCTCAATTTATTCGGCTTGAGGGGTCTTTTCAGTCTGATCCTTGGTGAAGAAAACG

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