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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgctcttaaattcttttctagtgttcttagaggcttggaaggaatggtcattttctttaactgttcctgagaattgacgccttcttcaccttttccagACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAATACTCTTACCAG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G013625_T03
intron # 5
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|78086947|gb|DV515340.1|DV515340
EST:     CAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCAT                         ACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
genomic: CAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCATgtatatattc ... ccttttccagACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
EST: gi|71426234|gb|DR807284.1|DR807284
EST:     TACATGCCGTGTTATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCAT                         ACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
genomic: TACATGCCGTGTTATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCATgtatatattc ... ccttttccagACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
EST: gi|76014394|gb|DT941564.1|DT941564
EST:     TACATGCCGTGTTATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCAT                         ACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
genomic: TACATGCCGTGTTATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCATgtatatattc ... ccttttccagACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
EST: gi|91053085|gb|EB163503.1|EB163503
EST:     TACATGCCGTGTTATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCAT                         ACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
genomic: TACATGCCGTGTTATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCATgtatatattc ... ccttttccagACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
EST: gi|78115431|gb|DV533819.1|DV533819
EST:     TACATGCCGTGTTATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCAT                         ACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
genomic: TACATGCCGTGTTATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCATgtatatattc ... ccttttccagACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
EST: gi|71767635|gb|DR965572.1|DR965572
EST:     TACATGCCGTGTTATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCAT                         ACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
genomic: TACATGCCGTGTTATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCATgtatatattc ... ccttttccagACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
EST: gi|37375435|gb|CF624155.1|CF624155
EST:     ATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCAT                         ACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA
genomic: ATCAGAGCAGTCACTTTATCCTGCAGGGTGGATTCATgtatatattc ... ccttttccagACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atggtcattttctttaactgttcctgagaattgacgccttcttcaccttttccagACTCATCCTTCACAAACATGCTTTCTATCATCGATCGACTTGCATACTCAATACTCTTACCAG
                            aattgac  putative branch site (score: 3)
                                  cgccttcttcaccttt  CT-rich tract
      attttctttaa  TA-rich tract