1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtattggtccaataattgccaagtcatatcagtctctataattcataatcttgcttcaaaagtcctatttacactgttaccttatgcagGTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATATGATC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G008242_T01 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CCTCCTCTTCTCCTACGAATGGTTGAAGATTGTGACGACGGGAAATTCAT GTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATAEST: gi|37419005|gb|CF647176.1|CF647176
genomic: CCTCCTCTTCTCCTACGAATGGTTGAAGATTGTGACGACGGGAAATTCATgtattggtcc ... ccttatgcagGTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATA
EST: CGGGAAATTCAT GTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATAEST: gi|78022444|gb|DV490831.1|DV490831
genomic: CGGGAAATTCATgtattggtcc ... ccttatgcagGTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATA
EST: ACGGGAAATTCAT GTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATAEST: gi|6194474|gb|AW146578.1|AW146578
genomic: ACGGGAAATTCATgtattggtcc ... ccttatgcagGTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATA
EST: CCTCCTCTTCTCCTACGAATGGTTGAAGATTGTGACGACGGGAAATTCAT GTCTGCTTTGCGCTGNTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATAEST: gi|71433735|gb|DR814785.1|DR814785
genomic: CCTCCTCTTCTCCTACGAATGGTTGAAGATTGTGACGACGGGAAATTCATgtattggtcc ... ccttatgcagGTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATA
EST: CCTCCTCTTCTCCTACGAATGGTTGAAGATTGTGACGACGGGGAATTCAT GTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGGTGCCTATGCTA
genomic: CCTCCTCTTCTCCTACGAATGGTTGAAGATTGTGACGACGGGAAATTCATgtattggtcc ... ccttatgcagGTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTA
tctataattcataatcttgcttcaaaagtcctatttacactgttaccttatgcagGTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATATGATC
ttacctt CT-rich tract
aattcataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtattggtccaataattgccaagtcatatcagtctctataattcataatcttgcttcaaaagtcctatttacactgttaccttatgcagGTCTGCTTTGCGCTGTTTCAAGCGTCGTGTTGCCTATGCTAATGTAACATATGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT