Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtgaatgtttcttgtcgtattcaagcatcagtgttcattgtctagcaacttggcttacagttttgttgtgtttaataccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
Basic information
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: LOC_Os01g60190.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 5
------------------------------------------------gtgaatgttt--cttgtcgtattcaagc-atcagtgttcattgtctagcaacttggc------ttacagttttgttgtgtttaataccttc--------cagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
| | ||| | | | || ||| | | |||||| | | || || ||| | || || || | ||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| || |||||||||||||||||| ||| |||| | || || |||||||| || ||||
gtaaaatcttcatttagttatacgagttaaaccatcaacttttaatatttaactgtgcagatcgctatttttaagttgtttgatttcattatttctgaatttaataacatgttatatccatgctgaagtttaagtcttaaaaatgcacagAATGACTGGGATGTGGTCAAACGTGGGTGGGATGCCCAGGTGCTTGGCGAAGCACCCTACAAATTCCAAAATGCAGTCGAAGCAGTGAAAACTCTAAGAG
upper sequence: GRMZM2G003385_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 5
lower sequence: PP1S145_164V6.2 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 5
-------gtgaatgtttcttgtcgtattca--agcatcagtgttcattgtctagcaacttggcttacagtt-ttgttgtgttta---atacct---tccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
|| ||| || | || || || |||| | | | ||| | | || ||||| || | || | | || | | ||||| |||||| ||||||| ||| ||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| || |||| ||| || |||||| | || | || | |
ttcatgtgtacatgattttggtttcccacatcaggatcaacgct-gtcctctttgatttgggtttacatttacttctgaactcacccatgtttgtctgcagAACGACTGGAATGTGGTGAAAAATGGTTGGGATGCTCAGGTGCTTGGAGAAGCTCCCCACCGGTTCACTAGTTGCCTCGAGGCTTTAAAGAAGCTTAAGGMapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|211219836|gb|FL409202.1|FL409202EST: GATTGCTTCTGGTGGTGGGAAAGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGA
genomic: GATTGCTTCTGGTGGTGG-AAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGA
EST:
gi|21810018|gb|BQ668336.1|BQ668336EST: AGA-TGCATCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
EST:
gi|78085788|gb|DV514181.1|DV514181EST: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCT
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCT
EST:
gi|76021242|gb|DT948412.1|DT948412EST: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
EST:
gi|211242233|gb|FL127853.1|FL127853EST: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
EST:
gi|7262366|gb|AW585309.1|AW585309EST: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAA
EST:
gi|211397434|gb|FL369350.1|FL369350EST: GATTGCTTCTGGTGGTGGAAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG AATGACTGGGATGTGG
genomic: GATTGCTTCTGGTGGTGGAA-GGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGG
EST:
gi|211005730|gb|FL388917.1|FL388917EST: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAG AATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGA
genomic: AGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGG-CTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGA
RNA-Seq data
ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site
atgs Truncated intron sequence
Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.
Found data for 4 RNA-Seq libraries.
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
609GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
942GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
604GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
1323GACCCTAGAGAATGATCTTTTGGAGCTTCGAGGCAAGGGTATTGATGCACAGATTGCTTCTGGTGGTGGAAGGATGTATGTTACCATGGACCGTTATGAGgtgaatgttt ... taccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gtgttcattgtctagcaacttggcttacagttttgttgtgtttaataccttccagAATGACTGGGATGTGGTTAAACGTGGCTGGGATGCTCAGGTGCTCGGAGAAGCACCCTACAAATTCAAAAGTGCACTTGAGGCTGTGAAAACACTGAGAG
taccttcc CT-rich tract
tgtttaata TA-rich tract